先说结论，首先，这两个都可以独揽一面，其次，这两个都不是很推荐。假如，以上说法不让你伤心或者失望的话，请看后面的解释，欢迎友好交流，但没时间杠。

从文献管理软件的基本功能来说，管理文献和插参考文献，这两个都能很好的完成。那么我们应当关注，这两者哪个更方便。

总的来说，不差太多，Mendeley 有 collection 和 tag 两套系统，Endnote 没有 tag ，但可以加星。如果对 tag 没有过分依赖，其实不差很多，但我觉得有了 tag 系统，还是灵活很多的。

收文献方面，Mendeley 拖 PDF 读元数据很方便，EndNote 在内置 Web of Science 里搜题目，补全 PDF 也很爽。

Mendeley 有个功能可以加鸡腿，数据库全文搜索非常快，这是我最喜欢它的地方。

如果很介意同步的话，Mendeley 是个大坑，用过的都知道，但是 EndNote 还真没用过同步，有体验的可以告诉我。不要很水心 Mendeley 的全平台，同步不给力，那都是泪。

日常管理，Mendeley 搜全文超级快，如果不太在乎同步，我认为它更好些。

后面说的 3 也应属于这部分，但是那块整体比较完整，而且相对比较高阶，先把初阶的问题聊完再说那个。

首先，可以给2个软件都点一个赞的是，可以根据 DOI 更新已经入库的文献，呃，这个功能可能大家觉得很基础，我其实就是在不点名的提醒某 Z。

然后，可以再点一个赞的是，Endnote 也终于跟上时代，可以基本在 Word 的窗口里，完成插入 citation 了，这是别的软件早就做到的。我认为这个细节非常重要， 因为按照以前的习惯，在2个软件之前跳转，会让写作思路不顺畅。当然这个 Mendeley 早就做到了。

+ 赞 × 3，都有 merge citations 的功能，EndNote 还是自动的。虽然不是那么重要，但是该夸就要夸。

EndNote 的 citaion 支持超链接跳转，没什么用还得夸系列，年纪大的老师没准就好这口。

好了，欢乐的氛围暂告一段落，说起来期刊自动缩写，EndNote，都9021年了，还不支持。还是老一套巨复杂的导入，导入不好还得自定义，这是一个很大的黑点。Mendeley 自然没啥问题。

最后 EndNote 一个巨大的优势 -- 插入的文献 非！常！扛！造！

只要是 EndNote 插入的，可以随着 doc/docx 可以带着一个完整的数据库 enl，方便编辑。甚至 enl 数据库丢了都没关系，从 word 里可以几乎无损的再导出一个，真是居家旅行，杀人越货，啊不，修改文章的好工具。因此，也有极致追求插文献抗造的人，因为这一个原因选用 EndNote。

总结下这部分就是，EndNote 有大坑，也有大优势，孰优孰劣取决于看中什么。如果需要缩写，EndNote 是极不方便的，因为他官方定义的期刊缩写列表，不会特别全，并且有些期刊 DOI 获取的时候，名字不是他期刊列表上定义的完全一致，甚至有些期刊名还改过，这些，在我以前的经验里，都需要自己手动定义，说着感觉不太麻烦，实际自己体验，会让整个工作量翻大概一倍。不过与此同时，那个抗造的文献库，也非常让喜欢的人无法割舍，当然，在使用不同设备，Mendeley 登录同一帐号使用，且此时 Mendeley 同步没抽风的话，也不是什么大问题，插入状态对与数据库敏感，但是登录帐号能保证数据库一致性。

EndNote 的格式文件是它自己定义的 ens，开发由他自己负责，大概至今(2019年9月底) 6 千左右的样子，没详细统计。Mendeley 的格式文件是一个开源格式 CSL，我写个回答的时候大概是 9 千左右。由于我对 CSL 有所了解，我知道这 9 千里应该有些水分，但是水分并不多，并且 EndNote 那6千里应该也有些水分，主要避免重复工作。

刚才随手查了下，Endnote 没找到很官方，完善且很新的自定义 ens 的文档，只找到一个 X7 版本的 PDF，当然有可能是随着软件以 PDF 或者 chm 的方式，给了用户，所以没在网上放，但概率并不太大。如果官方完整安装里，包含一个非常完善的 ens 自定义文档，请告诉我，我会修改本段内容。但是 CSL 的自定义文档很完善，网上很好找。

这二者的区别，应该说开源的 CSL 略好。我知道 EndNote 会经常在大学，科研机构办一些讲座，甚至学校图书馆都会简略介绍。但是到自定义文献格式的方面，毕竟还是不会很系统的讲。此外，该行为也可以理解，EndNote 官方从没想靠用户来完善格式文件，他们是商业软件，那是他们自己的事。结果就是，无论是丰富程度，还是文档完善程度，都是开源的 CSL 略好一些。

需要注意的是，此处比较的其实是 ens 和 CSL，基于 CSL 的软件很多，远不止 Mendeley。

从这三方面，我没有太按照逻辑，把真的能遇到的状况都比较了下。顺便快速的说下别的答案里，确实有问题的一些成见：

那位写了个 Mendeley 和 Zotero 对比的长答案，然后全知乎贴的哥们我就不说啥了，看看对不对题。且不说你对2个软件功能理解有误我提醒过了一次，我觉得在知乎回答是先提供有质量的答案帮助别人，然后才可能满足个人的需求。同一类问题，也不会存在一个一模一样的标准答案。

如果真的耐性看到了这里，首先我非常感谢。我就再废话几句，个人使用 EndNote 和 Mendeley 的时间都超过1年，用 Zotero 的时间大概有5,6年了？我上面说的，都是实际使用的时候，遇到的影响写作和插文献过程的客观问题，而不是那种表格上对比下就能看出来的，也不是用两天之后，骂一句软件垃圾，误我人生的使用体验。所以，很碎，但也较全且略有参考价值。我在知乎几乎只回答 Zotero 相关问题，这是第一次参合 EndNote 和 Mendeley 的问题。因为我现在已不是 EndNote 日常使用者， Mendely 使用率也很低，很多问题，我都去网上查了确定了才写下来。知乎有个很长的讨论参考文献的帖子，里面高赞真是群魔乱舞，有把自己所有教程粘了一遍的，还有吹 Nature 出玩具的 ReadCube 的，我看着很气，只能要求自己不那么做。

最后，我推荐什么？

我先说哪几个是好的文献管理软件，EndNote，Citavi，Mendeley，Zotero 都是。EndNote 我这个答案里说的最多，就不展开了，但是提醒题主本人，即使你学了一段 EndNote，很可能还是不够的，EndNote 学习的阶段会比你想象的要长，而且，软件那么长的菜单，在我看来，实际有用的并不多。Citavi 我用过几次，确实和我自己向性不和，处处不太顺手，但应是好软件，因为用的少，夸不出来，也不说了。Mendeley 的黑点是同步，没有着重黑，剩下都还好。

我推荐 Zotero，完整配置的 Zotero 包括了 Mendeley 除了快速搜索全文，和更新已入库文献的所有优点，没有同步不稳定的致命缺点，并且在很多方面通过插件得到长足增强。当然前提还是文献主要为英文。最后，都写了这么多，放个我自己专栏不算过对吧？

如果使用 Zotero 欢迎关注

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