DNA提取技术干货篇:血浆DNA与血浆游离DNA提取试剂的选择方法

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DNA提取技术干货篇:血浆DNA与血浆游离DNA提取试剂的选择方法

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一、有较高的提取得率。

DNA核酸提取得率的确定,常用的是使用紫外分光光度计的方法。但是,血清、血浆dna样本中游离核酸含量较低,如果直接用紫外法检测,得出的数值并不准确,而且多次测量的结果会变异很大。关于提取得率,Qiagen的研究数据是1ml正常血浆样本cfDNA得为7.35ng左右,但如果白细胞大量凋亡,血浆中的游离DNA量会有所增加,肿瘤病人的血浆DNA会大幅增加。

有些研究者提取血浆DNA后习惯于先用紫外检测浓度,发现紫外检测不出来或浓度很低时便认为提取失败,放弃后面进一步的实验,其实并不可取。我们可以把紫外读数作为参考,但是不能作为判断得率的唯一标准,最好还是要做个PCR或荧光定量。

根据Qiagen公司的实验,血清血浆的量与DNA提取的核酸量成正比。因而,如果要提高核酸得率,可通过增加血清或血浆的量来实现。一般地,做血浆或血清核酸提取,样本量最好在1ml以上。如果1ml或更大量样本得不到满意的检测结果,则应及时考虑更换提取试剂盒。

目前国内常用的DNA提取提取试剂有国际品牌Q、国内品牌T、国产品牌Biog等,我们实验室使用下来,Biog的核酸提取得率较高,1ml肺癌病人血浆DNA得率在85ng左右,Q的得率在72ng左右,T的得率在63ng左右,基本上都能满足下游PCR实验的需求。当然,如此低的浓度直接测OD值不太容易,如果使用Nanodrop2000c,其检测下限为2ng/ul。如洗脱液为30ul,则需要1ml左右的血浆才能检测出来。显然,如果是健康人的血浆,1ml血浆的DNA浓度更低,紫外可能根本就检测不出来。因而,血浆DNA提取完成以后,最好直接做PCR,紫外检测的意义不大。

二、提取的核酸纯度高。

核酸纯度一般根据OD260/OD280比值来判断。一般说来,试剂盒DNA提取的DNA 其OD260/OD280比值应在1.6--1.8之间。如果提取的DNA溶液OD260/OD280比值小于1.6,通常说明有蛋白质或酚、多糖等的污染。如果提取的DNA溶液OD260/OD280>1.9,则表明有RNA污染。

使用Q公司血浆DNA提取试剂盒提取的血浆DNA, OD260/OD280一般在1.7-1.9之间;使用Biog血浆游离DNA提取试剂盒提取的血浆DNA, OD260/OD280一般在1.6-1.9之间,使用T公司血浆DNA提取试剂盒提取的血浆DNA OD260/OD280比值也在1.6-1.9之间。Q公司提取DNA的纯度似乎优于国产试剂,但我们提取的DNA是用于PCR检测,结果并无明显影响。可能因为Biog公司血浆游离DNA提取试剂盒提取的血浆DNA得率较高的原因,同样的DNA加样体积(2ul),Biog试剂盒提取的DNA 荧光定量PCR检测结果CT值要优于Q公司试剂盒提取的DNA。

三、操作简便性。

操作简便性也是血浆DNA提取试剂选择的一个重要因素。操作过于复杂,不仅费时费力,还容易导致样本间的交叉污染,也容易损失样本。特别是用于临床检测或样本较多情况下的检测,操作复杂如果导致交叉污染会引起误诊,还会影响出检测报告的时间。因而,选用操作简便、流畅的提取试剂盒非常重要。

就我们曾经用过的以上三种提取试剂盒来说,Q公司的血浆DNA提取试剂盒提取过程大约30min,从样本处理开始需要个10步骤; T公司血清/血浆游离DNA提取试剂盒整个提取过程需要约40min,从样本开始处理10个步骤;B公司的Biog血浆游离DNA提取试剂盒提取过程大约25min,从样本开始处理8个步骤,Biog公司的血浆游离DNA提取试剂盒在操作简便性上具有一定优势,更适合于较多样本的检测。据了解,该产品已通过药监局备案,也更适合临床样本的检测。

综合看来,与国外知名品牌相比,国产试剂盒在血浆DNA提取纯度上稍有不足,但在提取得率和操作简便性上基本没有区别,有些品牌还略有优势,可根据实验需求进行选择。对纯度要求较高的实验,可选择Q等国外知名品牌,如果对提取量要求较高或提取后主要进行PCR或分子杂交之类的实验,可考虑选择Biog等国产品牌。

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