提问者把问题搞混了，保留不保留韵母ü 和应不应该写为字母v是两个问题，前一个是音韵学问题，核心是ü 是否是一个单独的音。后一个是注音方案的问题，核心是怎样写符规范。

1. 先说保留不保留韵母ü （ㄩ）的问题。这个问题应该没有什么争议，谁都能听出ü 和u是两个不同的元音。音韵学上的说法凡ü或者以ü 为介音的成为“嘬口乎”——即发这个音的时候嘴型要嘬起来，这是其他元音所不具备的特点。所以必须单独成为一个韵母。

2. 再说为什么要用ü 来标注ㄩ这个音，而不用v。实际上，用u来标注ㄩ并非计算机首创，在制定《汉语拼音方案》制定之时，就有人建议过用v代表ㄩ，周有光先生回忆说当时经过讨论，弊多利少所以没有采用。

弊在哪里呢？具体说有两点，一是字母汇通。汉语拼音创立时所创立时选用罗马字母，是为了坚持字母汇通原则，也就是说：使用罗马字母的目的是让认识罗马字母的人在看到汉语拼音的时候，即使不会拼读，也能从一些基本规律知道一些基本的信息。其基本规之一就是用元音字母表示元音，辅音字母表示辅音。aeiou五个字母表示元音是罗马字母界的通例，而汉语拼音的元音基本上符合国际音标系统和拉丁文字母相应的发音习惯，如果改用v则显得不伦不类，容易给熟悉拉丁文的人造成困扰。

另一方面是v本身已经有作用了，请看一下《汉语拼音方案》http://baike.baidu.com/view/104414.htm

其中v已经是一个法定字母。方案专门规定

这就给v定下了专门的用途，比如少数民族“佤族”的拼法是va3 zu2，吴语中语气助词“伐”拼做va2等。如果现在再用v来代表ㄩ，就和这一条矛盾，而造成方言、少数民族语言等无法标注的问题。

其实，退一步来说，即使要取消，也轮不到ü ，至少应该先取消z^，c^，s^，ŋ以及ê这几个真正是“几乎没人用”的拼音字符。

=================================补充=====================================

今天在浏览《朝闻道集》的时候看到周有光先生对此的解释，特此帖上来以为补充：