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热图（heatmap）是分子生物学文章里（尤其是microarray, RNA-seq相关论文）经常出现的图片，热图可以：

1）直观呈现多样本多个基因的全局表达量变化；

2）呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。

今日份我们来介绍一下 怎样画一个漂亮的热图，热图一般分聚类树，四个方向的注释，和热图本身

下面我们逐步解析一下这个热图的画法：

首先我们准备一个数值矩阵：

获得最简单的热图如下：

其次我们修改图例：

接下来 我们可能需要对热图进行聚类分析：

我们看到热图变成了这个样子

可能我们需要隐藏行名称，操作如下：

此外 我们还可以对 行和列的聚类结果进行分割，如：

很明显我们看到了分割后的热图：

此时我们还不过瘾，还想将分割后的几类分别用颜色标注出来：

聚类热图如下：

当然我们可以从左侧对颜色进行修改：

此外 我们还可以对行或者列进行数值注释，比如利用柱状图展示每列样本的年龄，如下：

最终的热图如下：

我们还可以将这个注释调整到底部位置，并修改成 棒棒糖图展示：

最终的热图如下：

同样的 左侧和右侧注释 以此类推。

还有一个重要的功能，点击 树状图切换树的位置，这在有时候对样本进行重排列时特别有用。

还有一个重要的功能，突出显示特定的 名称,比如这里 指定七个文本如下：

最终显示的图片如下：

现在 我们来整体介绍一下这个软件：