诚如你所知，这是大家都不愿意看到的情况。但我们不必对此过于纠结，而是应该研究一下如何处理这个问题。

不知道你未完成 A 期刊投稿流程的具体原因 —— 是技术原因？是因为你的稿件在某些方面还不够完善？还是因为你对一些投稿注意事项还不完全了解？

此外，我推测将你的投稿认定为一稿多投的是 B 期刊。因此除非 B 期刊允许你先把 A 期刊那边的问题解决，你才可以向 B 期刊投稿。既然如此，你就应该向 A 期刊的编辑去信说明情况，并请求他们对此提出建议。你还可以说这是你的疏忽或者理解有误所致，并对此表示抱歉。如果 A 期刊相信你的解释，他们可能会允许你重投。如若不然，你则可以向 B 期刊甚至是新的 C 期刊投稿。请注意，向 C 期刊投稿时应对整个情况加以详细说明（包括 A、B 期刊那边的情况）。

最坏的情况是没有期刊愿意接受你的稿件，这种情况下建议将你的稿件上传到相应的预印本存储库中，这样至少你的研究成果会在网络上留有一些记录。如果确实发生这种情况，你可以把它当作一次教训，确保你以后不会再遭遇同样的情况。一次疏忽大意是可以理解的，但如果出现第二次就可能对你的学术信誉造成不良影响。