嘴唇上长痣原因有很多，目前常见的原因有以下几种：

1、嘴唇上长痣最多见的是色素痣。色素痣的发病原因目前还不十分清楚，目前研究认为色素痣的发生跟黑素细胞的发育畸形有关系，可能是黑素细胞在由神经嵴到表皮的移动过程中出现异常，导致黑素细胞聚集；

2、嘴上长的痣还可以见于叫劳吉尔-亨齐克尔综合征，该综合征的病因不十分清楚，主要表现为在唇、口腔黏膜和手指甲或脚趾甲处有色素沉着斑；

3、还可以见于色素沉着息肉综合征，该病表现为嘴唇、口腔黏膜出现色素斑点，伴有肠道息肉，发病原因不十分清楚，但是可以表现为常染色体显性