这是人类历史上的第四十一个千年。一百多个世纪以来，帝皇沉睡在地球的黄金王座上。他是神授的人类之主，他无穷无尽的军队征服了百万世界;他也是一具朽坏中的躯体，在黑暗科技时代的力量下无声无形地痛苦扭曲着;他是帝国的腐肉之主，每天都有一千个灵魂为他献祭牺性，让他永远不会真正地死去。

即使处在假死状态下，帝皇仍延续着他永恒的警惕。强大的舰队跨越恶魔肆虐、瘴气弥漫的亚空间，航行于被帝皇的强大灵能产生的星炬所照亮的，能在遥远恒星间通行的唯一航路。庞大的军队以帝皇的名义在无数世界奋战。而帝皇的士兵当中最伟大的，是阿斯塔特修会一星际战士，经由生物工程改造的超级军士。他们的战友众多:星界军和不计其数的行星防卫军、时刻保持警惕的审判庭和机械修会的科技神甫诸如此类， 不计其数。但即便集合他们全体的力量，也不足以阻止迫在眉睫的那些威胁:外星异形、异端叛徒、变种人，甚至更恐怖的事物。

这个时期的普通人类默默无闻，生活在所能想象到的最残酷、最血腥的政体之下。战锤40000的故事，正是属于那个时代的传说。人们忘掉了科学技术的力量，因为它们已经被遗忘了太久，再也无法被学习掌握;人们忘掉了进步和宽容，因为在冷酷黑暗的未来只有战争。在群星间没有和平，只有永恒的杀致，以及饥渴众神的嘲笑。

一万年前， 帝皇最忠诚的儿子，极限战士军团原体基里曼，在追捕叛乱的帝皇之子军团原体弗格瑞姆时，被诱入气态巨星色萨拉，陷入了圈套。基里曼孤注一掷， 对弗格瑞姆的旗舰帝皇之傲号发动了突装，虽然使得帝皇之傲号瘫疾，但基里曼却被弗格瑞姆带有亚空间力量的毒剑刺中，濒临死亡。他的子嗣们将垂死的基里曼移入马库拉格的静滞力场中，以葆生机。漫长的一万年过去了，基里曼在机械修会大贤者考尔的帮助下苏醒了。考尔还带来了当年基里曼托付他创建的原铸星际战士大军。

然而，帝国第四十一个千年的景象，却让基里曼十分惊愕。原本代表着理性和开明的人类帝国，经历荷鲁斯之乱和帝皇沉寂于黄金王座之后，已经沦为在元老院的专制统治和帝国国教控制的愚昧迷信的黑暗帝国。堕入混沌的叛徒们从恐惧之眼中涌出，通过毁灭性的古代异形科技，使得恐惧之眼就像诅咒疲痕一样蔓延，穿过整个银河，形成一个大裂隙将帝国的百万世界一分为二。

基里曼奋起发动了收复失地的不屈远征军，归来的原体成了最后的希望之光。在新生的原铸星际战士们的无敌力量和大贤者考尔层出不穷的新发明的帮助下，历时一百一十二年，不屈远征军终于在拉科斯战役后告一段落。

但是，帝国依然被黑暗笼罩，信奉帝皇为神，推行愚昧迷信的帝国国教。

这令基里曼难以忍受，但他还是不得不寻求国教庞大力量的支持。

而给了他莫大助力的大贤者贝利撒留考尔，始终带着一层令人捉摸不透的迷雾，不顾反对研究着被视为禁忌的异形科技和人工智能，并直向他要求火星铸造统领的宝座。他还试图把所有反叛军团的基因种子也制造成原铸星际战士。

在奥特拉玛，基里曼的家园世界，他重建五百世界的努力不断受到各种当权者的反对。与此同时，死亡守卫的恶魔原体莫塔瑞恩，正和纳垢的恶魔大军同围攻着奥特拉玛，叛乱、瘟疫、战争在基里曼的国土上肆意蔓延。

而基里曼自己，在重生后来到泰拉面见了沉寂于黄金王座的帝皇。两者交流过后，对帝皇，对基里曼自己，对帝国真理和人类的未来，基里曼都陷入了困惑和绝望。

但在整个银河系中，能背负这切的唯有基里曼， 他是帝皇唯在世的忠诚子嗣，是基因原体，是帝国摄政，是帝国总司令，是奥特拉玛五百世界之主，是这个时代的半神和救世主。

这部小说，叙述的就是这位悲剧英雄的故事，以及第四十一个千年这陷入黑暗的帝国的全貌。