MacOS上的R错误:矢量内存已耗尽(已达到极限?)

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MacOS上的R错误:矢量内存已耗尽(已达到极限?)

#MacOS上的R错误:矢量内存已耗尽(已达到极限?) | 来源: 网络整理| 查看: 265

我正在尝试运行R脚本(特别是,我正在使用Bioconductor软件包Slingshot中的"?? getLineages"功能。

我想知道为什么在使用此功能时会出现错误"矢量内存耗尽(达到极限?)",因为与其他功能相比,它似乎不是最占用内存的功能包(包含我正在分析的数据)。

我确实知道在Stackoverflow上还有其他类似的问题,但是它们都建议切换到R的64位版本。但是,我已经在使用此版本。到目前为止,这个问题似乎没有其他答案,我想知道是否有人知道?

数据仅约120mb,远小于我计算机的8GB RAM。

相关讨论 听起来这可能解决了这个问题:r.789695.n4.nabble.com/… 将研究该解决方案! 尝试在大约664纬度/经度点上使用ggplot2的" geom_raster"时,我在3.5.1上遇到此错误。上面的解决方案对我不起作用。但是,它似乎确实是该线程中提到的版本控制问题。 @ Aus_10您是否解决过这个问题?我正在使用geom_raster()遇到类似情况,并且我意识到这是由于纬度/经度坐标不均匀造成的。当我使用aes(x = col,y = row)时,它可以工作,所以我相当确定这与引擎盖下发生的一些荒谬的几何图形有关

对于使用Rstudio的用户,我发现如在多个StackOverflow帖子中所建议的那样,设置Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000)仅在命令行上有效,并且在使用Rstudio时设置该参数不能防止此错误:

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

做更多的阅读后,我发现了这个线程,该线程澄清了Rstudio的问题,并确定了解决方案,如下所示:

步骤1:打开终端,

步骤2:

123cd ~ touch .Renviron open .Renviron

第3步:将以下内容保存为.Renviron的第一行:

1R_MAX_VSIZE=100Gb

注意:此限制包括物理内存和虚拟内存。因此,在具有16Gb物理内存的计算机上设置_MAX_VSIZE = 16Gb可能不会防止此错误。您可能必须使用此参数,具体取决于计算机的规格

相关讨论 只有.Renviron版本适用于我,而我位于终端cmd行上。 如果这对遇到相同错误的人有帮助(我知道该线程很旧!),则可以从"活动监视器"实时观察R \\的内存使用情况。我发现这对诊断问题很有用。

我遇到了同样的问题,增加"R_MAX_VSIZE"对我的情况没有帮助,而是清除不再需要的变量解决了该问题。希望这对那些在这里苦苦挣扎的人有所帮助。

1rm(large_df, large_list, large_vector, temp_variables)


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