【交流】杂合子的单倍型怎么确定？

2024-07-12 17:54| 来源: 网络整理| 查看: 265

我现在做牛几个基因的SNP分析，发现许多SNP，文章投出去，审稿人建议作单倍型分析。我的问题是：一些SNP位点是杂合的，比如在基因的300bp处为AT杂合，这种情况单倍型的序列该怎么表示？举例：假定纯合子的基因型是：384GG/420TT/423CC/481TT/510GG

那么其单倍型就是：384G/420T/423C/481T/510G

杂合子的基因型是：384AG/420TT/423GC/481TT/510GG那么其单倍型是?

请高手指点很急，在线等。

她的单倍型也应该是杂合的，也就是说它是两个单倍型的杂合子。已经知道一种单倍型了，那么只要将另外一个剥离就行了即：haplotype1:GTCTGhaplotype2:ATGTG就是说：纯合子是由一种单倍型组成，而杂合子的单倍型是两种。

而杂合子的两种单倍型频率要分开计算了，是不是就等于其等位基因的频率？能否给我推荐一个在线的现在就能用的单倍型频率计算的软件？

这个网站你觉得如何？http://research.calit2.net/hap/我觉得计算单体型频率是一个群体学概念。你可以用PHASE来计算。您提供的网址我打不开

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