lammps教程：如果动态统计区域内的原子数量 |
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lammps教程：如果动态统计区域内的原子数量
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大家好，我是小马老师。 lammps模拟中，group是一个比较重要的命令，几乎所有的fix和compute命令均对group id进行操作。 默认情况下，原子组是一个静态（static）类型的组当原子被划入到一个组中后，原子将“永远”属于这个组，除非被新的group命令设置。 如有命令： group 1 region mobile组1的原子离开mobile区域后，还是属于组1，同理，当有新的原子进入到mobile区域，该原子也不会被归入到组1中。 如果以region区域作为讨论对象，研究region内某一时刻原子的性质，就必须动态的跟踪region内的原子。 用普通的静态分组显然无法满足要求，这时候就需要用到动态组（dynamic group）。
如统计半径为15的球形区域内气体的数量.
气体处于扩散状态，球形区域内的气体有进有出，所以需要设置动态组。 region ss sphere 0 0 0 15group mobile dynamic all region ss every 10variable number equal count(mobile)在组名mobile后面加dynamic表示改组为动态组，all表示所有进入球形内的原子都会被归入mobile组。 every 10表示每10步判断一次是否有原子进入或者离开球形区域，every命令可不写，不写的话默认为1步更新一次。 最后一句count（）命令统计组内原子数，并把结果存储在number变量内。 统计结果如下图所示：
完整的in文件程序如下： #气体粒子数量variable npart equal 1000#模拟基本参数设置units ljdimension 3atom_style atomicboundary p p pneighbor 0.5 binneigh_modify every 1 delay 0 check yes#三维box尺寸region box block -20 20 -20 20 -20 20#生成boxcreate_box 1 box#随机产生100个气体原子create_atoms 1 random ${npart} 324523 box#设置摩尔质量1mass * 1#力场设置，soft势pair_style soft 1.0pair_coeff * * 10.0#温度初始化velocity all create 2.0 34234123 dist gaussian#能量最小化minimize 1e-4 1e-4 1000 1000reset_timestep 0#保存轨迹文件dump img all atom 100 gas.xyz#模拟步长timestep 0.001#设置nve系综fix 1 all nveregion ss sphere 0 0 0 15group mobile dynamic all region ss every 10variable number equal count(mobile)thermo_style custom step v_numberthermo 100run 10000
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