SingleR是一个用于对单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型自动注释的R包（Aran et al.2019）。依据已知类型标签的细胞样本作为参考数据集，对测试数据集中的细胞进行标记注释。

使用SingleR的最简单方法是使用内置参考对细胞进行注释。singleR自带的7个参考数据集，其中5个是人类数据，2个是小鼠的数据：

BlueprintEncodeData Blueprint (Martens and Stunnenberg 2013) and Encode (The ENCODE Project Consortium 2012) （人）

DatabaseImmuneCellExpressionData The Database for Immune Cell Expression(/eQTLs/Epigenomics)(Schmiedel et al. 2018)（人）

HumanPrimaryCellAtlasData the Human Primary Cell Atlas (Mabbott et al. 2013)（人）

MonacoImmuneData, Monaco Immune Cell Data - GSE107011 (Monaco et al. 2019)（人）

NovershternHematopoieticData Novershtern Hematopoietic Cell Data - GSE24759（人）

ImmGenData the murine ImmGen (Heng et al. 2008) （鼠）

MouseRNAseqData a collection of mouse data sets downloaded from GEO (Benayoun et al. 2019).鼠）