鬼族大战之后，忍族与武士族共同建立了新的国度——和之国，并交由武士统治，忍者则选择退隐，于暗中辅佐武士，以坚守鬼王封印及守卫和之国，共同维护大陆和平。

300年间，和之国经历了17位统治者，国家与族群间的关系也在悄然之中发生了变化。由于武士对国家的统治逐渐腐朽堕落，实力也越来越弱，和之国第17位统治者——年轻的大名开始忌惮忍者的强大力量会威胁到自己的统治地位，为了树立威望，便在阴阳师的挑唆下，罔顾300年前忍者与武士达成的维护和平共生契约，授意了对忍者的镇压和绞杀行动。同时，武士城实际武力的最高统治者大将军也在不断壮大边疆军队，谋划武士暗部行动，似乎酝酿着更大的秘密。此间，由于忍者族群和武士冲突不断，另一股强大的势力——反武士忍者组织也应运而生，一场为取回忍者大义的战争一触即发。就在此时，鬼王余孽卷土重来的谣言四起，忍界内忧外患，这片大陆的和平岌岌可危，一场席卷和之国的暴风雨即将到来。