11月5日，同“黎明晨光”的首领蕾薇妮雅·柏德蔚回到学园都市，粉碎了黑夜海鸟对芙蕾梅亚·塞维伦的致命一击。与一方通行和滨面仕上等人会合后，同他们聚集在自己的宿舍房间接受蕾薇妮雅·柏德蔚的魔法知识讲解。在追踪他而来的“无线电探空仪要塞”飞抵学园都市上空之际，经由一方通行得知了诱导空中要塞的发信机的地点，在滨面仕上的帮助下破坏了发信机上面的水泥地板。在“幻想杀手”将发信机破坏后，要塞直接通过学园都市，坠入千叶外海。

11月10日，同雷♯♯亚、一方通行、御坂美琴、滨面仕上、番外个体、黑夜海鸟一行为粉碎魔法结社“捣蛋鬼（音译:格雷姆林）”的阴谋而来到夏威夷。在击破了“捣蛋鬼”成员莎洛妮亚·A·以黎维卡后，奥蕾·布鲁雪克与莎洛妮亚的主导的合众国控制计划也宣告破产。但在夏威夷事件中，由于上条等学园都市相关人员的介入，也导致了学园都市与其协力机关对立，为此受到极大冲击的上条决定要挽回失败。

11月13日，上条在木原加群的引导下前往东欧的巴盖吉城“善后”，打倒了“捣蛋鬼”魔法师玛莉安·史琳格奈亚。但是，“捣蛋鬼”的首领欧提努斯为测试他右手性能究竟到什么程度，出现在上条面前。结果，上条当麻瞬间惨败，右手腕被欧提努斯捏断，寄宿在其体内的“看不见的存在”也被粉碎，上条则在出血和剧痛的冲击下当场失去了意识。在被欧雷尔斯和右方之火救回后，右手腕自行恢复。

一端览祭前日，被欧雷尔斯带回到学园都市的上条当麻，担心被幽禁在“没有窗户的大楼”中、欧提努斯用来制造“主神之枪”的材料芙罗兰·克洛伊杜尼，无论落到“捣蛋鬼”还是欧雷尔斯阵营手里都不会有好下场，在和托尔打了一架后协助背叛“捣蛋鬼”的魔法师雷神托尔营救芙罗兰·克洛伊杜尼。托尔透过木原加群留下的后门，演算出“没有窗户的大楼”的装甲板无法抵消的冲击波波形，后依该波形施以攻击试图破坏装甲板。然而，芙罗兰因为受到外界的刺激，自行破坏了“没有窗户的大楼”的装甲板来到外界。为了让欧雷尔斯势力远离“捣蛋鬼”，并利用双方彼此提防动弹不得之际，乘机先找到芙罗兰·克洛伊杜尼保护她，跟托尔一起向双方释放假情报。其中，上条当麻负责设下能迷惑欧雷尔斯势力的陷阱。上条跟踪撤离的“捣蛋鬼”魔法师玛莉安·史琳格奈亚，找出了追击玛莉安的蕾薇妮雅·柏德蔚。本打算透过刻意战败，将写入学生手册的假情报传递给给对方，却因为警备员的介入，侧腹被实弹打穿而陷入生死交关的窘境。不过，诱饵情报成功传达，成功将欧雷尔斯阵营跟“捣蛋鬼”隔开。

一端览祭开幕日，在第七学区·多层天桥找到了芙罗兰·克洛伊杜尼，却因为失血过多而晕倒，在以向“捣蛋鬼”复仇为目的的灰姑娘为他紧急止血后恢复了体力。拜托欠下他人情的灰姑娘制作出最后之作脑的“赝品”给芙罗兰，最后中止了芙罗兰捕食最后之作脑的“机能”。另一方面，为阻止蕾薇妮雅·柏德蔚向芙罗兰出手向她发出挑战，在被上条识破力量源泉的芭德薇被打倒后，欧雷尔斯阵营选择撤退。

新约第7卷中，上条当麻被土御门元春送到了“男宾止步”的“学舍之园”，并接受了“阻止敌对魔法师以灵装发动大规模术式”这项“使命”。在“学舍之园”，上条不但被当成大变态，还在逃离众多凶暴女学生的途中被御坂美琴发现，就在以为走投无路的瞬间，由第五名的超能力者食蜂操祈操纵的女中学生向他伸出了援手。但是土御门元春所说都是谎言，当上条确认到土御门舞夏的“死讯”后，在食蜂操祈操纵的女中学生帮助下离开了“学舍之园”。

在接到身受重伤的云川芹亚的匿名短信后，前往阻止土御门元春杀害贝积继敏。在打倒土御门元春，得知“人力资源”计划后，本应该保护土御门舞夏，但因为不知道她在哪里，于是决定前往“人力资源”的核心芙蕾米娅·塞维伦身边，攻击“人力资源”的黑幕本身。当恋查（#028）要杀害滨面仕上和黑夜海鸟时，出手相救，并接受滨面的委托去保护芙蕾米娅。在主题公园“博览百科”，与垣根帝督联手迎击恋查（#029）。正当恋查（#029）的优势无法动摇之际，却因为已经成为AIM思考体的黑幕药味久子被注入体内而不断膨胀，上条趁机击破恋查、粉碎了AIM思考体。

由于亲眼目睹了夏威夷群岛与巴盖吉城的惨状，因此上条认为不能放着魔神欧提努斯率领的“捣蛋鬼”不管。在反“捣蛋鬼”联合势力全力搜索“捣蛋鬼”的根据地的这段时间，作为破坏“主神之枪”的“王牌”在学园都市待命。当得知“捣蛋鬼”的根据地“船之墓场”就设置在邻近学园都市的东京湾后，为阻止“捣蛋鬼”和学园都市双方在东京爆发激烈冲突，将东京变为第二个巴盖吉城，打算在双方正式冲突前快攻解决“捣蛋鬼”。众人搭乘超音速客机前往东京湾时，飞机被“捣蛋鬼”魔法师弗蕾雅创造的“地底恶龙”解体，与众人失散。在通过地铁向东京湾移动过程中，遭遇弗蕾雅的攻击。在命悬一线之际，遭到赶来的御坂美琴粗暴的搭救。最后，在茵蒂克丝的强制咏唱的介入之下，解放了弗蕾雅母女。虽然上条等人赶到了“海上坟场”，但是还是没能阻止欧提努斯，于是，世界被欧提努斯毁灭。

世界被欧提努斯摧毁后，得以幸存的上条发现自己正处于空无一物的黑暗中，先前的奥莱尔斯等人已不知所终，面对欧提努斯自称毁灭世界这一事实，出于恐惧，上条拒绝接受这一结果，试图寻找众人的身影，不知寻找多久后，面对着只有自己一人存在于此的恐怖，上条的内心开始迎来崩溃，他选择去面对一切的元凶——欧提努斯，但随后，欧提努斯便操纵了相位，改变了世界，醒来后，上条发现自己正处于破败的房间中，他开始怀疑先前的一切是否只是梦，但随后在电视中看到自己被世界通缉的消息却使他感到了扭曲，对事件走向感到迷茫的上条选择了行动，然而在行动的过程中却遭到了联军的追击并且被同学吹寄制理与蓝发耳环攻击而打成重伤，最后倒在了自己的老师，月咏小萌的刀下，临死前的上条，在周围的电视上看到了父母对“生出上条当麻”这一罪的忏悔并且要求摧毁上条当麻这一绝对的“恶”以赎罪的场景。当欧提努斯再次出现，表示自己创造出了不同'立场'的世界，上条当麻一面是英雄，而在另一面却是灾难的化身，通过立场的转换，导致上条成为了最大的“恶”，在击垮上条的目的失败后，欧提努斯再次改变了世界。

“我说啊，这样真的值得吗？他们真的有值得你搭上性命守护的价值吗？”——欧提努斯

……当然有价值了……就算像你说的那样，一定，也有守护的价值啊。——上条当麻

“看来你就像是那只没有察觉到自己泡着的那只大锅的水已经要沸腾的愚蠢的青蛙呢。我本以为那只不变的右手才是我最大的敌人，但看来另一个障碍出现了。虽然是无趣到连认真对待都觉得可笑的东西。但如果是这样的话，我也稍稍更改一下趣味来享受一下吧。”——欧提努斯

在欧提努斯创造的第二个世界里，上条当麻的人际关系、人生经历被另一个相貌完全不同的“上条当麻”所取代，目睹到的一切是上条当麻陷入了自我怀疑：“失去这一切，自己如何证明自己是“上条当麻”？如果无法证明，那么自己又是什么人？当欧提努斯出现，拿着一张合照，要求上条指出“上条当麻”时，上条陷入了迷茫——有着“上条当麻”的经历，是否谁都可以成为'上条当麻'？，最终，上条冲破了欧提努斯的圈套，在合照中指出了他自己——上条当麻本人，使得欧提努斯的期望落空，她开始创造出一个个残酷的世界以达到击垮上条的目的。

你就在那之中，如果选择正确，我就把你的世界，人生，存在都还给你，别依赖性别来判断哟，你的形态只要挥一挥『枪』就能随意改变。性别，年龄这些都不能作为辨别本人的参考哟.——欧提努斯

我是…………我就是上条当麻，不是其他的任何人！！——上条当麻

在欧提努斯的操纵下，上条当麻看见了无数的世界，经历了无数的绝望。

有一上来就对上条当麻穷追猛打，逼他走向死路的世界。

有因为莫名其妙的冤罪而被绞刑的世界。还有和认识的人一起在山中遇难，在救援来到之前为了存活，大家活生生地分食上条血肉的世界。

在医院的病床上意识清醒却不能动弹或者说话，就那样被埋葬的世界。

保有知觉地在腐化的土地中从手脚开始到全身慢慢腐烂的世界。

地球已经没救了，被人扔进救生舱，连目的地都没有，就这么直接被抛入虚无的宇宙中的世界。

被巨大机器人或者小行星彻底毁灭的世界.......

从上一个世界的死亡回过神来，上条当麻却坐在阳光灿烂的公园里的长椅上，意外窥见了难以置信的情景：本已死去的人得以复生，众人都在阳光下欢笑，雪莉·克伦威尔的好友爱丽丝得以复活，本应是父母双亡的修女雅妮丝与父母在品尝三明治，前方之风拉着弟弟的手在散步，左方之地没有被同伴肃清，反而和其他神之右席的成员在同一个遮阳伞下喝着冰咖啡，欧莉安娜没有经营魔法界的运货人的业务，而是和一群小孩，老婆婆一起熙熙攘攘........欧提努斯出现表示自己创造了一个众人都可以欢笑的“完美世界”，并告知上条，只要“上条当麻”这个变数存在于这个以没有上条当麻为前提而存在的完美世界中，这个世界就迟早会迎来崩溃后离开，留下无数用于自杀的道具让上条自裁。看见了完美世界，上条当麻承认了欧提努斯的力量，怀疑自己先前拯救他人回到“原来的世界”的行动的正确性，陷入了彻底的失落当中，决意自杀，成为完美世界的“祭品”。

“我的梦想是不失去任何东西让所有人笑着回来。”——上条当麻 《某科学的超电磁炮 第35话》

…啊啊………被认定是恶的人，果然是我吗......？

在即将跳楼自杀的最后一刻，上条却被御坂网络的整体意识操纵着御坂10031号阻止——整体意识非生非死，得以在欧提努斯的操纵下短暂存在。将失落的上条当麻领至空无一人，曾属于上条的宿舍后，双方开始了交谈，在交谈的过程中，上条当麻宣泄出了自己内心的不甘与懊恼，并且在整体意识的话语中得到了救赎与开导——将自己放在第一位，为了自己而战。一直在拯救他人的上条当麻开始了又一次的战斗，但这次，是上条当麻第一次，也是彻彻底底的一次，为了自己的世界而握紧右拳，为救赎上条当麻本人而战斗。

“就算是任何人都能做到的简单的事情 就算只是碰巧自己处在那个位置，换了其他人来都会做出同样的选择 就算也许可以改变A和B的组合，可以让其他的什么人占据你的位置，替代人际关系图当中你的存在 实际上，在那一分，那一秒，那个地点，那个情况下 奋不顾身的冲进事件当中将他们救起的正是你啊！ 就算其他什么人或许也可以做到，不要说那样假设的事情。真正为了大家而赶来的你，才是大家真正感谢的人啊！！”——整体意识

“你一定可以得救的 因果报应这个词并非只在不好的时候使用 你到现在为止一路走过的道路，一定会拯救你的 大家会烦恼，会痛哭，会纠结，但是到最后的最后，肯定会去救助你的 因为，他们都不是坏人 就算是有的人也干过蛮横，狂暴的事情，但也不是根本上无法理解的坏人 所以，最后的最后大家一定会来的 如果知道你被这世界上的笑容快要压垮的话，即便是舍弃一切也要站到你的身边成为你的伙伴 就像以前你为她们所做的那样”——整体意识

“最开始我就想说了啊 为啥你的事情和别人的事情相比就一定无条件的排在最底层呢？ 谁应该更优先，自己决定不就好了酱~ 一次而已，把自己看成是最重要的有啥不可以酱”——整体意识

“如果大家对你感到愤怒的话，煽风点火的我当然要陪你一起 就算是被当成邪恶的大魔王也好什么也好，首先从两个人开始吧 一点一点来，一起修复被破坏的人际关系 这可不简单啊，毕竟在人们心中最柔弱的地方留下了伤痕，甚至关乎不认识的世人的生死 不过，最后一定会熬过来的 在那之前，我会一直陪着你的啦☆”——整体意识

厌倦了用世界压垮上条，欧提努斯转而试图用死亡使得上条屈服，上条当麻与欧提努斯开始了无数次的交手，在此期间，二人逐渐理解彼此——为了自己的世界不惜一切。上条当麻也察觉到欧提努斯对于击垮自己的执着来源于对曾经所在的世界与自己创造的世界中的抉择——幻想杀手可以作为曾经的世界的“备份”，经过数千亿的交手，上条完全熟悉了欧提努斯的行为模式，而欧提努斯却因为长时间的杀戮而积累过多精神压力，最后一次战斗中，上条当麻占据了上风，击碎欧提努斯的主神之枪，逼迫欧提努斯发动术式“妖精化”自灭以获得负的100%的可能性，发动了“弩”射出十支箭矢，避开九支箭矢后，上条当麻被第十支箭矢腰斩。

早在一开始，这场战斗就是无胜算的，上条能做的，只有用自己的言行使欧提努斯的抉择改变，濒死之际，上条承认了自己的败北，将自己的右手交给了欧提努斯，希望欧提努斯能够回到原来的世界，而不必像自己一样因为无法回去而恐惧不甘（理解了欧提努斯）后再一次迎来死亡。在无尽的黑暗中，幻想杀手因为宿主的死亡与世界空无一物从而附着至欧提努斯身上，而欧提努斯也回忆着自己试图回到曾经世界的目的——寻找理解者，然而，与自己曾经的世界是否存在虚无缥缈的理解者不同，那个被自己粉碎的世界里，有着已成为自己理解者的上条当麻，但上条已被欧提努斯葬送....于是，在未必有理解者的曾经的世界和有着理解者的世界，欧提努斯选择了后者，以幻想杀手作为备份，发动了魔神的力量，回到了上条当麻原来的世界，而上条也得以复活，一切都回到了众人来到船之墓场，与欧提努斯对峙时。

“好好拿去用吧。这只右手，我顶多也只能用来打架。如果是你的话应该知道更好的利用它的方法吧。就是奥莱尔斯说的世界的『基准点』什么的，已经分出胜负了，所以，已经够了。使用这个右手，去把你的第一希望取回来吧，从头开始制作和原来一样的世界？谁也分别不出区别，所以和回到'原来的世界'一样？……不对啊，欧提努斯，就算其他人都看不出区别，就算世界只充满欢笑，只有你一个人知道区别的话，那肯定还是悲剧啊”——上条当麻

“想任性也是可以的。善与恶那种东西，把它忘掉吧。感到不愉快，觉得碍眼，理由什么的怎么样都行。就算你任意行事，但从结果来说大家都获得了笑容与幸福，你已经让我确实地看到了。所以，随心所欲地去做吧……你最初渴望的，到底是什么呢？只要它还没有实现，你就会跟我一样，会被幸福的世界击溃，成为令人悲哀的迷途孩子哦。”——上条当麻

讶异于能够回到原来的世界，上条对于这个结局感到难以置信，却看到了处于多国联军炮火轰击之下，接受众人的敌意，却因为妖精化术式导致身体开始崩坏放弃防抗的欧提努斯，但能够知晓正是欧提努斯本人将这个世界复原的，仅有无数次与欧提努斯交手，并成为其理解者的上条当麻，却没有能够证明欧提努斯内心已经发生改变，无需施加攻击的证据。明摆着，欧提努斯将选择让给了上条当麻，却自己遭到了攻击，难以接受这一切的上条当麻决意帮助欧提努斯，于是——少年成为了人类公敌，2VS60亿的战斗拉开序幕。

“现在的你已经不同了！你应该对你的所作所为引发的后果做出补偿，即使这得花费漫长的岁月。但是你现在的做法是不对的！你身上那种不把你杀掉不行的恶性已经消失了啊！！”——上条当麻

欧提努斯的身体因为欧雷尔斯所施下的“妖精化”术式而从内部逐渐崩坏，必须想办法停止这个侵蚀。“妖精化”术式是为了对付魔神而构造的术式，换句话说就是它对人类之躯是无效的，只要欧提努斯取回右眼放进眼窝里，她就会从魔神变回人类，内部崩坏也会停止，但是同时也将失去魔神之力。为了让欧提努斯取回右眼，放弃魔神之力，然后接受正当的裁决以此赎罪，通过灵装“骨船”，上条当麻跟欧提努斯来到浸泡有她右眼的“智慧之泉”的所在地丹麦。

因为欧提努斯的移动存在误差，所以上条等人不得不从日德兰半岛的最北端想方设法赶到丹麦南方的岛屿菲英岛，在这个过程中，上条当麻不断地遭到各方势力的围追堵截。

在约灵的郊外平原打败了展开“白翼”、未使出全力的一方通行（执黑白双翼对抗世界之人）；在奥尔堡，说服了罗马正教派遣来的雅妮丝·桑提斯（20亿猛威），让雅妮丝部队放弃了对上条等人的追杀；在逃离奥尔堡后，面对俄罗斯成教的堵截，上条不仅反驳了俄罗斯成教宗主教克兰斯·R·札尔斯基构筑的术式“七宗罪”，还让克兰斯被自己的术式束缚。虽然借此迫使俄罗斯成教的追兵瓦希莉莎跟莎夏（在神威中摇摆的修女们）罢手，但却被英国阵营劫持到空中要塞“架空宾馆”，面对凯莉莎、神裂火织、后方之水和骑士团长（屠魔四刃）的联合攻击，上条当麻利用神裂火织“不愿意看到有人死去”的本性，不仅借由从一千五百米高空纵身跳下而被神裂火织无条件搭救，还以“可以不用杀死欧提努斯也能让事件圆满解决的道路”说服神裂火织，让她帮助自己阻挡凯莉莎和后方之水；在前往比隆的路上，又打败为向欧提努斯复仇而来、手持“战乱之剑”的玛莉安·史琳格奈亚（解放魔剑的锻造师）；在前往腓特烈西亚的路上，先是遭到美国突击队（表舞台的警察）的伏击，后来又遭遇学园都市的驱动铠FIVE_OVER.MODEL_CASE"RAIL_GUN"（冷酷的科学尖兵）的攻击，在御坂美琴的介入下才得以脱险；接着便与御坂美琴（被电子宠爱的天赐之子）交手，被美琴用自己的方式救赎后离开，在连接菲英岛的大桥上，面对蕾薇妮雅·柏德蔚和茵蒂克丝（图书馆主人与魔法女王）的组合，上条当麻成功袭击了茵蒂克丝的胸部，中止了茵蒂克丝向蕾薇妮雅脑中传达“主神之枪”知识的咏唱；在菲英岛的欧登塞，因为欧雷尔斯（与魔神成对者）的阻止，才避免了被“圣人”席薇亚和布伦希德·爱克特贝尔杀害；在最后的目的地伊埃斯科城堡，战胜了“全能之神”模式下的托尔（挥锤的全能之神）之后，上条当麻面对的最后的敌人却是欧提努斯自己。

因为一路上亲眼目睹到上条当麻背负着“拯救魔神欧提努斯”的罪责，跟本应是同伴的人们战斗，徒添一处又一处伤痕，为了不想让上条今后一直背负这样的罪责，欧提努斯拒绝了上条的拯救，选择了再度发动魔法来让自己毁灭，欧提努斯发动的便是与上条在空无一物的世界中最后一战杀死上条，威能足以湮灭行星的十发“弩箭”，最后，上条当麻在她最后一发“弩箭”放出之前，解除了她所中的“妖精化”术式。在最后时刻得到救赎，却即将消逝的欧提努斯，在隐世中的魔神的帮助下透过仅存1%的部分重组成为15cm大小的迷你少女。

11月底，在云川芹亚的引导下，来到第二十一学区的无名人工湖，粉碎了蜜蚁爱愉的计划，拯救了食蜂操祈。并且选择不还手被蜜蚁爱愉痛打了一顿她是曾经的上条当麻的相识，没能拯救的人。

12月1日，带着茵蒂克丝和欧提努斯去十五学区最顶级的约会地点『钻石天井』，在追寻擅自离开的欧提努斯时遇见伪装成蓝花悦的加纳神华和『圣日耳曼』中的一员。误认为『圣日耳曼』是魔神而前去阻止滨面仕上与其接触，打败了开着高达驱动铠的滨面，但也被螺丝刀捅中腹部。和滨面前去芙兰达·塞维伦拥有的一个秘密房间调查。

12月3日，为避免留级主动扮演防暴演习中的“犯人”，因把月咏小萌弄哭遭到吹寄制理的攻击。趴在窗外躲避时险些被御坂美琴的超电磁炮击中。在柜子里发现一封情书书信误以为是少女的情书狂奔上楼，见到木乃伊般的魔神僧正后幻灭。拒绝了僧正“成为魔神们的仲裁者”的提议，后骑乘巅峰单车逃脱，为防止路过的御坂美琴被僧正所伤，携御坂美琴一同逃离。一路上听从美琴的建议采用数种手段阻止僧正，均以失败告终，就连前来支援的右方之火也被僧正击飞化为陀螺，后发现僧正是通过泥土进行追踪，与美琴骑车入河，暂且避开僧正。

当日傍晚，在与欧提努斯回宿舍的路上与【理想放逐】上里翔流遭遇，在即将与其发生冲突时卷入了蕾薇妮雅·芭德薇和派翠西亚·芭德薇的争执，上条准备帮助即使牺牲自己也要拯救妹妹的蕾薇妮雅，而上里则打算帮助即使放弃生存也要拯救姐姐的派翠西亚。最后，上条创造出同时保住两边性命的选项。最后，被“修格斯样本”寄生的派翠西亚在『魔神』奈芙蒂斯和“上里势力”的田妻暮亚的帮助下被成功解救。事件虽然结束了，可是上条和上里依然无论如何都无法容忍彼此，上里认为围绕在自己身边的人不过是围绕自己的右手而不是上里本人这种看法是因为上里的自卑与对上条的误解，因此对“心安理得享受周围一切”的上条感到失望，于是二人于夜晚的街道上再度对峙，在一阵短暂的对拳过后，幻想杀手被理想放逐放逐至“新天地”，但随后隐藏在幻想杀手之下的东西出现将上里打成重伤，负伤的上里逃离。上条再度取回幻想杀手，但因为见识到上里被里面的东西打成重伤，上条开始对那股力量感到恐惧与不信任。

12月4日，因为僧正的袭击导致上条当麻就读的高中变成废墟，上条等学生只得来到其他学校借读，却意外遇到了同为转校生的上里翔流。穷酸的二人针锋相对地讨论如何将食堂最便宜的饭菜变得好吃刚转入新学校的二人就斩获了【惹哭学生会长的男人】的荣誉称号。

12月5日，上里翔流的妹妹去鸣来到学园都市，以讨伐“上条势力”为目的而行动，为了阻止去鸣对上条的友人们出手，上条与上里打算通过造成上条当麻与上里势力在交手的假象将去鸣引出，但而后上里变卦，表示只要上条当麻死亡，去鸣就会停手，因此决定杀死上条当麻。在上条被百余人的上里势力围攻时，去鸣赶到，与滨面仕上、御坂美琴以及一方通行交手过的她，明白了所谓上里身边“扭曲”的根源，就是上里的“垃圾后宫”，紧接着，尾随去鸣而来的上条当麻的粉丝一方通行强袭上里势力，在一方通行与上里势力交战时， 去鸣带着上条逃跑，并要求其让上里翔流从扭曲当中摆脱。

当晚，为了阻止在上里暗示下而打算启动焚烧炉的一无所知的上条的同学们，再加上学生会会长冒牌货的出现导致上条与去鸣担心真正的学生会会长处于焚烧炉中，二人将焚烧炉破坏，但上条却被目睹一切的上条的同学们所孤立，人际圈出现了崩坏的迹象。而后上里出现，愤怒的上条与去鸣质问上里时，意外的上里却表示自己从未向学生会会长出手。疑点出现之际，幕后黑手，假扮成学生会会长的木原唯一出现，她的老师木原脑干被上里打至濒死，为了向上里复仇，她切下了带有“理想放逐”力量的上里翔流的右手并与自己的右手调换，获得了理想放逐这一力量。

为了保住上里的性命，上里势力的少女们与上条开始同木原唯一交手，但上条等人随后被使出以魔神力量为外在的魔法的木原唯一击破，所幸路遇的御坂美琴救下上条与去鸣，三人开始逃窜，却遭到尾随的木原唯一的攻击，众人被击飞，美琴也与上条、去鸣二人分散。上条与去鸣再度与木原唯一交手，却遭到木原唯一体术以及滞空回线引爆器上的压制，上条与去鸣被木原唯一击败。同时，另一头的美琴落到了安置着A.A.A.备用机的武器仓库里，面对未知的可能性感到恐惧时，却目睹了上条被木原唯一打倒，即将被木原唯一喂下由圣日尔曼病毒形成的药丸所杀死时，彻底感受到自己的无力，决心阻止一切的美琴战胜对未知的恐惧，装备上了A.A.A.，将木原唯一击飞，救下了上条当麻的生命。

而失去右手的上里翔流，却意外地发现，上里势力的少女们依旧围绕在自己身边，哭泣的少年明白了一个浅显易懂的道理：吸引这些少女们的是上里本人，而非是那带有“理想放逐”的右手，停下了对魔神的复仇。但全体魔神除欧提努斯外也全部被放逐至新天地了却也因内心产生动摇而符合理想放逐发挥效用的条件。

而后，学园都市遭受了不明原因的大热浪与被称为“元素”的拟态生命的袭击。12月8日，上条与同班同学为了将游泳池的水净化为饮用水，外出寻找寻找净水微生物的培养基，却遭到了“元素”的袭击。中暑的上条被装备着“对魔术式驱动铠”的御坂美琴救下并带到常盘台中学进行治疗。美琴认为摧毁“水晶之塔”即可解决“元素”带来的危机，上条便跟随美琴、食蜂等常盘台学生前往“元素”把守的“水晶之塔”并联手将其破坏。但事后发现“水晶之塔”不过是木原唯一为了引出美琴而设下的诱饵，此时木原唯一则带领大量“元素”突袭常盘台中学并阻截返程途中的上条等人。

（待补充）