手把手教你设计PCR引物 |
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点击GenBank(针对基因序列),复制下面的基因的序列。 2 Primer Premier 5设计引物 2.1 载入基因序列 通过File下的New或Open载入需要设计引物的DNA序列,如下图示。 2.2 Primer 设置 点击上图的primer选项,出现右图这个界面,再点击search。 2.3 参数设置 主要有五个要设置的地方。 第一栏是选择设计PCR引物,测序引物和杂交探针,这里选择第一个“PCR Primers”; 第二栏是搜寻类型,一般我们搜索引物是以对搜索,所以一般选"pairs";第三栏是正负链的所在区间以及产物的大小长度,这里是介绍基因的鉴定的,一般以 默认的参数就可以了,不过可以根据实验的需求自行设定;第四栏是引物的长度以及正负波动值,一般来说引物长度在 18-27℃范围内;第五栏是选择模式,一般选 “Automatic”。 设置完上面所说的这些地方后按“OK”键,则跳转到新界面,在点击OK。 2.4 选择合适的引物 该图左上角 这两个按钮和分别代表的是 正向和反向引物。该图中间部分给出了引物的 得分,位置,长度,Tm值,GC含量,自由能等信息。该图最下面的模块给出了正反引物是否形成 发夹结构,二聚体,错配以及引物之间的二聚体等情况, 红色代表有。 2.5 修改引物 点击“Edit Primers”选项,修改引物之间的二聚体,由上图我们可以看出反向引物引物3‘端末尾与正向引物中间碱基互补了,只要删除最后一个碱基就可以了。 2.6 最终引物 最终显示这个界面,说明引物设计好了, 2.7 导出引物 选择 “Edit”>Copy>Sense Primer/Anti-sense Primer ,将引物复制到word 文档里。 后期再为大家一步步的介绍RT-PCR等引物的设计, 这个PCR小技巧学会了吗? 常见必会实验视频推荐学习: 医学科研必备36个实验实操及Protocol视频汇总详解 返回搜狐,查看更多 |
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