楼层，即组成图书馆的不同部分，图书馆共拥有十个楼层。设定上的楼层是用于收集和分类图书馆收集到的书籍，在游戏内则是表现为不同的标识，不同风格的楼层背景，背景音乐和异想体卡牌。

每个楼层都有自己的专属司书，他们负责用战斗的方式将来宾转化为书籍，并讲这些书籍分类整理。每名专属司书都有若干助理司书来帮助他们进行工作，但在游戏中，战斗时专属司书最多只能和4名助理司书同时出场并进行战斗。

虽然图书馆的楼层对应着前作《脑叶公司》中的不同部门，但由于最后剧情中脑叶公司的颠倒，图书馆楼层的上下层和脑叶公司部门的上下层实际上是颠倒过来的。那些对应着脑叶公司上层部门的楼层在废墟图书馆中被视为下层部门，反之亦然。

楼层一览：

每个楼层的司书将会提供给玩家一系列的任务。当达成了任务之后，玩家将获得进行异想体战、并进一步开放楼层的机会。一般而言，任务的要求为获得某一本特定的书，或是以某些条件达成一次接待。

当您达成某些特定条件时（一般是完成游戏的进度），会有楼层被开放，新开放的楼层初始司书配备如下（按开放时间降序）：

历史层 ：历史层指定司书

科技层 ：科技层指定司书

文学层 ：文学层指定司书

艺术层 ：艺术层指定司书

自然层 ：自然层指定司书+自然科学层助理司书*2

语言层 ：语言层指定司书+语言层助理司书*2

社会层 ：社会层指定司书+社会层助理司书*2

哲学层 ：哲学层助理司书*3

宗教层 ：宗教层指定司书+宗教层助理司书*2

当你完成来自指定司书的一个任务时，你可以进入一场异想体战斗，在战胜异想体后会获得数张异想体书页（通常为三张），已获得的异想体书页可以在楼层中查看，楼层的异想体书页仅能在对应楼层中使用

在接待来宾与进行异想体战斗时，您可以在提升团队情感等级时选择异想体书页

当您完成指定司书的最后一个任务并战胜该层所有异想体后，您将可以观看该层的最终剧情并进行总抑制，通过总抑制后您会获得数张异想体书页并可使用该层的E.G.O.书页，楼层的E.G.O.书页仅能在对应楼层中使用