旗与县是同一个行政级别，旗是内蒙古特有的县级行政区。至于为什么不改叫县，这与蒙古的盟旗制度有关。而现在的旗，只是个称谓。

1、相关称谓不同。内蒙古地区的地县级单位，不像其他省市自治区称之为“地区”、“县”等，也不像其他民族自治地方称之为“自治州”、“自治县”，而称为“盟”、“旗”和“自治旗”。这些行政区名称源自清朝时期的“蒙旗制度”。

2、历史根源不同。盟旗制度从清朝初年形成，一直延续到中华民国时候。1947年，内蒙古自治区成立，民族自决权得以实现。

新中国成立以后，党和国家对内蒙古的行政区划进行了重新的调整，虽延用了原有盟旗名称，但与旧的盟旗制度完全不同，特别是随着民族区域自治制度的实行，盟旗成的自己当家作主的行政机构。

而其他诸省份也很多沿用了旧有的县市划分，少数民族自治区域也有“自治州”、“自治县”的称谓。

3、主体民族不同。内蒙古的主体民族以蒙古族为主，旗的称呼更符合当地的文化传统，利于民族团结，保证民族的文化。而其他诸省份亦是这个道理，例如各少数民族自治州和内陆省份。

扩展资料：

盟旗制度是清朝为分化蒙古族，控制其上层贵族而实行的政治制度。天命九年(1624)后金统治者对归附的蒙古部众，按八旗组织原则在其原有社会制度基础上编制旗分，后复以此办法陆续安置归附的蒙古诸部。

至乾隆三十六年(1771年），土尔扈特部蒙古返归中国后，全蒙古部众悉数被纳入盟旗体制。此制自初置至完备，历时一百四十多年。

旗（蒙语：хошуу）是清廷设在蒙古地区的行政、军事单位，也是清朝皇帝赐给旗内各级封建主的世袭领地。旗是经过编织佐领，安置属民，分给牧地，划定旗界，任命札萨克形成的。

任命札萨克时，不但要考虑在部内的影响及地位，而且还要考虑对清廷是否忠顺有功。

参考资料来源：百度百科-内蒙古

百度百科-盟旗制度