beta/or, se, p, zscore换算总结帖(20211014更新) |
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对GWAS的summary文件进行整合时,经常需要在beta,or, se, p, zscore之间进行换算,故在此总结一下。希望对大家有帮助。 1. se 计算 1.1 有 beta、p ,计算se;se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F)) 1.2 有 or、p ,计算se;se=abs(log(or)/qnorm(p/2)) 2. zscore计算 2.1 有 beta、p ,计算zscore;c=-qnorm(p/2) 情况1:beta > 0,zscore = c 情况2:beta < 0,zscore = -c 2.2 有 or、p ,计算zscore;c=qnorm(1-p/2) 情况1:or > 1,zscore = c 情况2:or < 1,zscore = -c 2.3 有 beta、se ,计算zscore;zscore=beta/se 2.4 有 or、se ,计算zscore;zscore=log(or)/se 注意:这里的se指的是log(or)的se,plink给出的se就是默认log(or)的se 3 beta 和 OR 的转换beta to OR: Beta = log(OR) OR to beta: OR = exp(beta) Assuming the confidence interval being used is 95%,the upper and lower bounds for the OR: upper bound of OR = OR + se(OR) x 1.96 lower bound of OR = OR - se(OR) x 1.96 Log(upper bound of OR) = upper bound of beta Log(lower bound of OR) = lower bound of beta upper bound of beta = beta + se(beta) x 1.96 lower bound of beta = beta - se(beta) x 1.96 If you have the 95% C.I of beta, then calculating the SE(beta) is quite simple! for example if beta = 0.5 and the upper C.I is 0.6 then upper C.I of beta = beta + se(beta) x 1.96 0.6 = 0.5 + se x 1.96以上所有的公式换算均在R环境下完成的。 此文感谢彭师姐和蔡大胖同学参与的讨论,以及 https://www.researchgate.net/post/How_can_I_calculate_beta_coefficient_and_its_error_from_Odds_Ratio_from_GWAS_summary_Statisitcs 本文来自博客园,作者:橙子牛奶糖(陈文燕),转载请注明原文链接:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/14481976.html |
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