此次案例我们是要比较ARID1A这个基因突变与不突变两亚类肝癌病人哪些基因的表达存在差异（寻找差异基因）。 在之前的三篇TCGA的数据采集文章中，我们已经采集到了所需要的所有数据，具体见下： 那么接下来我们就要对这些数据进行差异分析，采用的工具为R语言，所需要的包有limma、edgeR。

edgeR的安装我们可以用先前的方法用Bioconductor进行安装。由于edgeR和limma互为依赖关系，所以limma也会在同时安装：

此次样本数据中我们选择了83个肝癌病人的数据，其中56个属于未突变组，27个属于突变组。