大同市医疗保障局设6个内设机构。

办公室（党组办公室）

主要职责：负责文电、会务、机要、档案、督查、宣传等机关日常运转工作。承担安全、保密、信访、政务公开和国内外合作交流等工作。组织协调人大代表建议、政协提案的办理工作。负责机关和直属单位的党群工作。承担机关和直属单位的人事管理、机构编制、教育培训、队伍建设等工作。负责机关离退休人员工作，指导直属单位的离退休人员工作。负责机关党组与市委的党务联系，承担相关文稿起草工作，做好党组会议和党组理论学习中心组学习，落实会议议定事项及“三重一大”决策事项。

规划财务和法规科（内审科）

主要职责：组织拟订全市医疗保障工作规划。承担机关和直属单位预决算、机关财务、资产管理工作。推进医疗保障信息化建设，负责医疗保障信息统计工作。组织起草相关地方性法规、规章草案和标准，承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉等工作。组织编制系统内权责清单，深化简政放权，优化权力运行流程，推进政务服务标准化。负责机关和直属单位内部审计工作。

待遇保障科

主要职责：拟订全市医疗保险、生育保险及医疗救助等医疗保障筹资和待遇政策，统筹城乡医疗保障待遇标准。统筹推进多层次医疗保障体系建设。建立健全医疗保障关系转移接续制度。组织拟订全市长期护理保险制度改革方案并组织实施。拟订中央、省驻同和市属机关、事业、社会团体等单位的医疗保险、生育保险筹资和待遇政策。

医药服务管理科

主要职责：贯彻落实全省统一制定的医保目录和支付标准。拟订全市定点医药机构医保协议和支付管理、异地就医管理办法和结算政策。组织推进医保支付方式改革。配合全省开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。

医药价格和招标采购科

主要职责：拟订全市药品、医用耗材价格和医疗服务项目价格、医疗服务设施收费等政策并组织实施，建立价格信息监测和信息发布制度。配合全省做好药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理并监督实施，推进招标采购平台建设。

基金监管科

主要职责：贯彻落实全省医疗保障基金监督管理办法并组织实施。建立健全医疗保障基金安全防控机制，建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度。监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用，规范医保经办业务，依法查处医疗保障领域违法违规行为。