宝可梦特别篇的超梦（日文︰ミュウツー，英文︰Mewtwo）是夏伯使用梦幻的细胞人工制造出的传说的宝可梦。

特别篇之中的超梦在VS肯泰羅中以培养液中未完成的形态首次出现。小智伪装成火箭队手下潜入火箭队基地，偷听到火箭队科学家夏伯对中队长健讨论梦幻细胞的基因样本不足以完成超梦的事情。

在此后的VS超夢（上篇）和VS超夢（下篇），当超梦的制造完成之后，牠对人类发动攻击并逃脱。正辉向小智透露了“华蓝市的怪物”袭击了城市之后逃到华蓝洞窟的消息。来到华蓝洞窟的小智遭到了超梦制造的超能力龙卷风的袭击。此时超梦的制造者夏伯出现与小智一同作战。夏伯告诉小智，超梦体内植入了他本人的细胞，失控的超梦细胞也侵入了夏伯体内，使得夏伯和超梦之间产生了共鸣的能力，而且超梦的细胞将来可能会夺去他的生命。夏伯试图与烈焰马一同冲向超梦与牠同归于尽，但超梦没有被打倒，反而制造出超能力汤匙朝着小智攻击。小智利用把大师球藏在皮卡口中这一巧妙的手段，在超梦的龙卷风还没完全形成以前将其捕获，随后将超梦还给夏伯。夏伯感受到超梦想要与自己在一起的意愿，让超梦留在了自己身边。

超梦在VS貓老大再次出现，在夏伯研究所的培养液中沉睡。小黄在VS風速狗来到红莲镇，发现夏伯和超梦正在为与四天王即将开始的战斗进行备战。在此后的VS化石翼龍①到VS化石翼龍③，小黄和夏伯在苏芳岛同四天王阿渡对决。超梦先后使出屏障防护罩、精神波龙卷风、念力汤匙等特殊绝招对抗渡强劲的龙军团。夏伯表示超梦不能距离自己太远作战，而且超梦在球外时夏伯的身体只能支撑三分钟。为了尽快了结战斗，夏伯试图让超梦把超能力汤匙变成叉子的形态，直接攻击渡精灵球的开关按钮。然而渡把龙军团藏在了地下，超梦的叉子只打破了空的精灵球。在夏伯倒下之后，渡对试图继续攻击的超梦指出牠不应该让夏伯受更重的伤。超梦被迫退回到大师球中，返回小黄身边。

在石英高原城都对关都道馆馆主对抗赛上，夏伯在遇到炎帝之后，在VS戰舞郎利用炎帝的火焰将自己治愈，释放了超梦。解除了束缚的超梦从红莲镇的研究所飞走了。

超梦是第五章故事中的作战同伴。牠在离开夏伯之后获得了通过思想进行对话的能力，但一般只对自己信任的人交流，例如小智、小黄和夏伯。

超梦在戰鬥的理由归来，救下了被萨奇打败的科拿。超梦对小智表示想要同火箭队作战，被小智接受。在火箭队基地所在的训练家之塔，超梦使出精神波驱散了由萨奇控制的阻止他们前进的一群未知图腾。小茂和小蓝受到立体影像的诱骗被机械臂抓到，超梦使用汤匙将他们救下，并且找到了大木博士和小蓝的父母所在的位置。坂木派出代欧奇希斯的克隆军团，超梦直接对坂木进行攻击并且试图与之交流，表示不能让火箭队像利用自己那样利用代欧奇希斯。坂木让训练家之塔的电脑R用M2拘束器控制住愤怒的超梦，在超梦无法移动时逃脱。超梦利用同时从三个方向攻击的疯狂植物、爆炸烈焰和加农水炮摆脱了束缚，摧毁了训练家之塔和电脑R。

小智和超梦继续追赶坂木，来到了火箭队的飞艇上。超梦和代欧奇希斯展开了激烈对战。代欧奇希斯转变形态的能力一度取得了优势，但超梦直接攻击代欧奇希斯的核心部位让牠失去了对战能力。此时叛变的查克拉让失控的飞艇朝着枯叶市飞去，并且把佛烈托斯留在飞艇上引发爆炸。小智请求已经成为朋友的代欧奇希斯将超梦和小黄通过黑洞传送到地面。超梦抱着沉睡的小黄降落在枯叶市附近，并且注意到梦幻阻止了飞艇的坠毁。然而在代欧奇希斯离开后，想要抓回代欧奇希斯的萨奇从精灵球中放出一道射线，让五位图鉴持有人变成了石像，超梦一度下落不明。

根据萨奇在VS帝牙卢卡&帕路奇亚IV所述，在第五章结尾处，超梦与萨奇放出的达克莱伊的碰撞导致五人变成了石像。此后超梦继续追逐着萨奇，但没能追上。

超梦出现在寶可夢村与闪焰队展开对战。艾克斯和小茂赶到时，发现想要捕获超梦的弗拉达利试图操纵超梦向两人攻击，结果超梦的攻击却朝着自己袭来。超梦也没能认出小茂。在超梦超级进化成超级超梦Ｙ之后，小茂发现了在远处让超梦超级进化的夏伯。

艾絲普莉派出基格尔德使出大地神力削弱了夏伯的力量，超梦暂时恢复原状，但夏伯很快更换了超级石，让超梦超级进化成超级超梦Ｘ。夏伯解释超梦可以在一次对战中多次超级进化，也是由于他与超梦的特殊关联的缘故。最终基格尔德的龙之波动将夏伯与超梦击倒。