扬州三甲医院有苏北人民医院、扬州市第一人民医院、扬州市中医院等。苏北人民医院为全省首批9家三级甲等综合医院之一，拥有省级临床重点专科26个，市级临床重点专科17个。扬州市第一人民医院拥有省级临床重点专科、市级临床重点专科，先后被评为“全国精神文明建设工作先进单位”和“全国文明单位”。扬州市中医院是国家首批中医住院医师、全科医师规范化培训基地、全国首批中医诊疗模式19家创新试点单位之一。

苏北人民医院为全省首批9家三级甲等综合医院之一，是扬州地区历史最久、规模最大、功能最全的三级甲等综合性医院。医院还是首批“中国—中东欧国家医院合作联盟”成员单位、中国医药教育协会医院管理专业委员会主委单位。拥有省级临床重点专科26个，市级临床重点专科17个。

扬州市第一人民医院系扬州大学唯一直属附属医院，是省教育厅、省卫健委共建单位。现已成为一所综合性三级甲等医院。医院拥有省级临床重点专科、市级临床重点专科，先后被评为“全国精神文明建设工作先进单位”和“全国文明单位”。

扬州市中医院是国家三级甲等中医医院，是国家首批中医住院医师、全科医师规范化培训基地、全国首批中医诊疗模式19家创新试点单位之一。医院设立影像科、医学检验科等医技科室，常规开展检查检验和介入放疗等工作。拥有江苏省名老中医药专家传承工作室、中医门派传承工作室等。

扬州市妇幼保健院是一所集医疗、保健、教学、科研、社区服务于一体的三级甲等妇幼保健专科医院，担负着全市及周边地区妇女儿童的医疗保健任务。医院以精湛的技术、一流的服务得到了社会各界和广大妇女儿童的一致赞誉。

武警江苏省总队医院是扬州市及周边县、市、区、城镇职工和居民医保、新型农村合作医疗、离休干部医疗定点医院，安徽天长市城镇职工医保定点医院。骨科、神经外科、影像超声、心血管内科、消化内科、神经内科、肿瘤科等专科技术实力较强，先后获武警部队科技成果奖120余项，获国家专利10余项。多次被评为““医药科技先进单位”、“文明单位”等。

扬州市江都人民医院现已发展成集医疗、教学、科研、预防、康复、保健、急救于一体的三级综合性医院、国家级“爱婴医院”。拥有25个病区，1个重症医学科。心内科、普外科、胸外科、神经内科、肾内科、呼吸内科等20个科室为扬州市重点专科。建有“脑卒中中心”、“创伤中心”、“胸痛中心”，拥有水平先进的血液透析室、放疗中心、康复中心及功能设施齐全的健康体检中心。

扬州市第三人民医院是扬州市唯一一家集医疗、 教学、科研、防控为-体的三级乙等传染病专科医院，也是全市肝炎、结核病、艾滋病、新冠肺炎等传染病定点收治医院。感染病科、肝病科、肺结核科、医学影像科、医学检验科、呼吸内科是扬州市临床重点专科。

宝应县人民医院有4名“江苏省333工程培养对象”和4名扬州市“有突出贡献的中青年专家”，设张荣善（妇产科）、刘立新（消化内科）、周茂松（普外科）三个市级名师工作室。建成孕产妇危急重症、创伤、胸痛、卒中等四个市级救治中心。消化内科、心血管内科、呼吸与危重症医学科、肿瘤科、普通外科、妇产科、麻醉科等13个专科是扬州市临床重点专科；消化内科为扬州市科教强卫重点学科。

仪征市人民医院，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级综合性医院。医院重视专科建设，骨科、神经内科、普外科、肿瘤科、麻醉科、耳鼻咽喉科、妇产科、内分泌科、影像科等11个专科已成为扬州市临床重点专科；呼吸内科被确认为扬州市临床重点专科建设单位；孵育骨科、神经内科积极创建省级临床重点专科。

江苏省扬州五台山医院（又名江苏省复员退伍军人精神病医院）建于1957年，是一所三级精神病专科医院，担负着全省在乡复员退伍军人精神病人及苏中、苏北地区精神疾病治疗、预防、康复工作。医院在医疗、教学、科研等领域以及规模、功能、综合实力等方面均取得了巨大进步，现已成为一所集医疗、科研、教学和康复为一体的在省内领先、全国有影响的大型专科医院。