官方的旗舰店和旗舰店是没有什么不同的，不管是在某宝还是某东，官方旗舰店和旗舰店都是和品牌对接的店是只有且唯一一家的。但是官方旗舰店和自营旗舰店是有区别的。

1、认证方法不同：自营旗舰店是指生产企业自行经营的旗舰店。官方旗舰店是指制造商正式批准的旗舰店。

2、不同的销售方式：专卖店是销售平台的供应商。官方旗舰店是品牌的边店，象征着品牌，同时店中只能销售该品牌的产品。

3、物流是不同的：自营旗舰店是从商家那里买回来并放回自己的仓库，自己物流配送，速度快，有问题要上门取换。官方旗舰店一般驻扎在企业中，第三方物流，相对较慢。

4、毛利润是不同的：自营旗舰店利润低，帐期长。官方旗舰店没有假货，利润很高。