在国青队的一年里，在五次全国尖子选手大循环比赛中，邓亚萍四次获得第一。终于在1988年11月，十五岁的邓亚萍正式入选国家队。仅仅五个月后，在第40届世界乒乓球锦标赛上，邓亚萍与乔红搭档取得了女子双打的冠军，而这是她未来将会获得的18个世界冠军中的第一个。

1990年第十一届亚运会，中国乒乓球女队对战韩国队，陷入苦战，最终3比2险胜夺冠。也是这场比赛让中国观众牢牢记住了邓亚萍，并且奠定了她在中国女队中的地位。

1991年日本千叶世乒赛上，邓亚萍在女团决赛中憾负朝鲜名将俞顺福，但她获得了女单冠军，这也是她第一个世界大赛的单人项目冠军。从这届是比赛开始，邓亚萍席卷了这之后近八年几乎所有世界大赛的金牌，媒体称之为“邓亚萍时代“。

邓亚萍作为中国队的绝对主力参加了1992年的巴塞罗那奥运会，并非常顺利地拿下了女子单打和双打的两枚金牌。1996年的亚特兰大奥运会，邓亚萍如法炮制，再获两金。时任国际奥委会主席萨马兰奇观看了邓亚萍的比赛，并为她颁奖。萨马兰奇曾说：“一个自身条件并不好的女孩，能够长久称霸女子乒坛，在邓亚萍身上我看到了奥林匹克精神”。

1997年的世乒赛，邓亚萍在单打、双打、团体三项比赛中夺冠，再次创造了一个令人生畏的记录。另一个邓亚萍至今为止依然无人超越的记录，则是世界排名第一的时间：她曾连续8年保持世界第一。