典型的三联征是痛经、性交痛和不孕。周期性的盆腔疼痛，尤其是经前或经期的腹痛（痛经 痛经 痛经是指在月经期出现的子宫部位的疼痛。痛经可以开始于月经期，也可以开始于经前1～3天。通常疼痛在月经开始24小时后达到高峰，２～３天后缓解。它常常是痉挛性的或钝的持续疼痛，但也可能是尖锐的或跳动的；它可能放射到背部或腿部。 常伴有头痛、恶心、便秘或腹泻以及尿频，偶尔有呕吐。... Common.TooltipReadMore ）及 性交痛 生殖盆腔疼痛/穿透障碍 生殖盆腔疼痛/插入障碍涉及性交过程中尝试或完成阴道插入的困难，包括尝试或完成阴道进入时盆底肌肉的不自主收缩（提肛综合征或阴道痉挛）)，局部前庭疼痛（诱发性前庭痛）或外阴阴道或盆腔其他部位的疼痛（性交困难），以及对插入尝试的恐惧或焦虑。 (参见... Common.TooltipReadMore ，是子宫内膜异位症的典型症状并呈进行性加重、发展为慢性疼痛（持续时间大于6个月）。附件包块及不孕也是典型症状。 常见有 间质性膀胱炎 间质性膀胱炎 间质性膀胱炎是膀胱的非感染性炎症，能导致疼痛（耻骨上、骨盆和腹部）、尿频、尿急伴尿失禁。诊断主要结合病史、膀胱镜、活检检查并排除其他疾病。经过治疗多数患者能改善症状但很少治愈。治疗方法包括饮食改变、膀胱训练、戊聚糖、止痛剂和膀胱内疗法。 ... Common.TooltipReadMore 伴耻骨上或盆腔疼痛、尿频和急迫性尿失禁。也可能出现经间期出血。

子宫内膜异位病灶广泛者可能没有症状，而病变较轻者却可能有难以忍受的疼痛。痛经是一个重要的诊断线索，特别是发病于多年无痛经者。

症状常在孕期减轻或消失。子宫内膜异位症往往在绝经后变得不活跃，因为 雌激素 和 黄体酮 水平下降。

子宫内膜异位症的症状因种植部位而异。

卵巢：形成内膜样囊肿（单侧卵巢的2～10cm的囊性包块），可能发生突发性破裂或渗液，从而导致急性腹痛和腹膜征。

附件结构：附件粘连，导致盆腔肿块或疼痛

膀胱：尿痛、血尿、耻骨上或盆腔疼痛（尤其是排尿时），尿频，急迫性尿失禁，或同时有上述2个及以上症状

结肠与直肠：排便时疼痛、腹胀、腹泻或便秘、或经期便血

盆腔外结构：不明确的腹痛（有时）

盆腔检查可能是正常的，或者发现子宫后倾并固定、卵巢呈囊性增大、活动性差的卵巢肿块、直肠阴道隔增厚、后陷凹变硬、宫骶韧带结节和/或附件肿块。外阴、宫颈、阴道内，脐部或手术瘢痕处的病灶很罕见。