汪淼（纳米材料专家，纳米材料全书主要被运用三次，第一次是古筝行动，第二次是太空电梯，第三次是运送云天明大脑的飞行器牵引索，结局自然老死）

史强（警察，观察力过人，第一部中告诉汪淼和丁仪虫子从未被消灭，第二部中负责保护罗辑，帮罗辑找到庄颜，在危机纪元后期也一直保护罗辑，晚年和儿孙在一起，结局自然老死）

常伟思（陆少将军，六十五岁退役，六十八岁去世，去世前曾写信警告未来的太空军，注意章北海的思想问题，但未得到重视）

丁仪（物理学家，为人不修边幅，爱喝酒，在苏醒后的时代，看透了人类物理学其实没有任何实质性进步，要求成为第一个接触水滴的人，在水滴攻击下化为尘埃）

杨冬（丁仪的女友，杨卫宁和叶文洁的女儿，物理学家，在查看母亲的电脑后，知道了真相，最后留下“物理学从来就没有存在过”的遗书后自杀）

魏成（数学天才，和申玉菲只是形式上的婚姻，申玉菲想通过他的数学能力，解决三体问题）

沙瑞山（北京射电天文观测站工作人员，叶文洁的学生，帮助汪淼观察到整个宇宙在闪烁）

徐冰冰（计算机专家，作战部的一员，负责信息安全）

斯坦顿（美军海军陆战队上校，作战部的一员）

林云（丁仪的前同事，共同研究球形闪电）

李瑶（汪淼的妻子）

豆豆（汪淼的儿子）

楠楠（叶文洁邻居家的小孩）

洋洋（叶文洁邻居家的小孩）

咪咪（叶文洁邻居家的小孩）

叶文洁（杨冬的母亲，清华大学教授，ETO精神领袖，第一个与三体文明接触的人，引导罗辑推出“宇宙社会学”理论，最后回雷达峰看落日时暗示叶文洁的去世）

杨卫宁（叶文洁的丈夫，红岸基地的总工程师，曾是叶哲泰的学生，典型的知识分子，在雷志成发现了三体秘密后，叶文洁打算杀掉雷志成时被牵连身亡）

雷志成（红岸基地的政委，色厉内荏，典型的文革干部，长期窃取叶文洁的研究成果，积累在政治上往上爬的资本，最后被叶文洁灭口）

叶哲泰（叶文洁的父亲，清华大学物理学教授，在文革中因为坚持真理被学生打死）

邵琳（叶文洁的母亲，清华大学物理学教授，在文革中揭发丈夫，后改嫁政府高官）

叶文雪（叶文洁的妹妹，激进的红卫兵，主动揭发父亲，写过大量检举材料，最后死于武斗）

白沐霖（记者，在大兴安岭借叶文洁之手写检举信，后又诬告是叶文洁自己所写）

程丽华（中级法院军代表，想借叶文洁之手，罗织罪名，搞倒两弹工程）

红卫兵1（姓名叫唐红静，打死了叶哲泰）

红卫兵2（瘦小的女学生，殴打叶哲泰）

红卫兵3（粗壮的女学生，殴打叶哲泰）

红卫兵4（独臂的女学生，殴打叶哲泰）

阮雯（叶文洁曾经大学时期的班主任）

马钢（兵团里的油锯手）

齐猎头（齐家屯的农民猎户，抚养出生的小杨冬）

大凤（齐猎头的儿媳）

伊文斯（ETO创始人，物种共产主义者，在中国西北植树救鸟认识了叶文洁，以自己的庞大财产建立起ETO，多次与三体文明通话，最终在古筝行动中死亡）

潘寒（ETO成员，降临派，生物学家，组织ETO聚会，因杀死申玉菲一事违反纪律，被叶文洁的护卫拧断脖子）

申玉菲（ETO成员，拯救派，日籍华裔物理学家，通过科学边界与汪淼认识，最后被潘寒杀死）

拉菲尔（ETO成员，以色列人，曾为了缓和巴以冲突捐出女儿器官，但调和失败，由此仇恨人类）

核弹女孩（ETO成员，叶文洁的护卫，最后在爆炸中死亡）

元首（三体世界元首）

1379号监听员（发出警告阻拦叶文洁）

科学执政官

军事执政官

农业执政官

工业执政官

文教执政官

罗辑（主角，杨冬的高中同学，因得到叶文洁的引导，而遭到ETO的不停追杀，从而被选为面壁者，和庄颜有一女儿，然后创立黑暗森林法则，成为执剑人，开始了威慑纪元。当下一任执剑人程心威慑失败，在维德死后重新研究曲率驱动，并成功研发出曲率引擎，最后二向箔来临时，留在冥王星成为人类文明的守墓人）

庄颜（罗辑让史强找来的完美梦中情人，被行星防御委员会逼迫和女儿一起进入冬眠，在危机纪年208年，罗辑威慑成功后苏醒，与罗辑团聚，但不到两年就带着女儿离开了罗辑，此后过着普通人平静的生活）

弗雷德里克·泰勒（美国国防部部长，表面计划是利用宏聚