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1、需要将下面的fasta文件进行一个整理，将序列单行输出  方法一
f1 = open('test1.fa','r').readlines()#需要整理的文件
f2 = open('2.fasta','w')#整理之后的文件
for i in f1:
if i.startswith('>'):
f2.write('\n'+i)
else:
f2.write(i.strip("\n"))
结果如下，这样会有一个问题，输入的文件起始有一个空行  这时候怎么办呢？ 我中间加了一次判断，如果第一次遇到>，则不进行换行
f1 = open('test1.fa','r').readlines()#需要整理的文件
f2 = open('2.fasta','w')#整理之后的文件
n = 0
for i in f1:
if i.startswith('>'):
n += 1
if n == 1:
f2.write(i)
else:
f2.write('\n'+i)
else:
f2.write(i.strip("\n"))
f2.close()
 此时第一行的换行符就没有了。 方法二：该方法比较费内存，小文件的处理可以，太大了就不行了，主要思想就是建立一个字典，把id和序列存入字典中
f1 = open('test1.fa','r').readlines()#需要整理的文件
f2 = open('2.fasta','w')#整理之后的文件
a={}
for i in f1:
if i.startswith('>'):
id = i.strip("\n")
fa=''
else:
fa = fa + i.strip("\n")
a[id]=fa
for i in a:
f2.write(i+'\n'+a[i]+'\n')
f2.close()
2、当文件处理下面的情况，如何处理呢?  第一列是我的ID，第二列是序列，处理成fasta文件
f1 = open('1.txt','r').readlines()#需要整理的文件
f2 = open('1.fasta','w')#整理之后的文件
for i in f1[1:]:#有表头，如果无表头则将1：去掉
id = i.split('\t')[0]
fa = i.strip('\n').split('\t')[1]
f2.write('>'+id+'\n'+fa+'\n')
f2.close()
 3、有些人会说，如果我的ID有重复，但是重复的，想把序列加和到一起，最后输出，该怎么办呢？
f1 = open('1.fa','r').readlines()#需要整理的文件
f2 = open('2.fa','w')#整理之后的文件
a={}
for i in f1:
if i.startswith('>'):
id = i.strip("\n")[1:]#去掉大于号
else:
fa = i.strip("\n")
if id in a:
a[id]=a[id]+fa
else:
a[id]=fa
for i in a:
f2.write('>'+i+'\n'+a[i]+'\n')
f2.close()
思想，先建一个字典，把id作为key,而序列作为value，每一次增加字典内容时，判断id是不是已经在a的key中存在，如果不存在，这时候直接将序列作为value，但是如果存在了，这是该id对应的就是已经存在的value加上现在的序列。f1读取结束后，再遍历字典，就可以了 总结： 1、open()打开文件，r代表读取，而w则是写入，a是追加 2、使用readlines()读取的文件，不需要关闭，但其他的文件是必须要关闭了，close就是关闭文件的意思 3、split是分割，而strip则是掉左右两端的某字符，这里用的是\n其实就是换行符 4、for循环和if判断语句
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