嗨嗨，好久不见，太久没有更新啦。前几天和老师讨论实验的时候，他提到了这个数据库挺方便，之前只是听说过，没有研究过怎么用，回来之后我就仔细看了下，今天顺便记录一些基本操作哈。

首先，phytozome是一个收录了植物基因组的数据库和在线工具，注释信息、基因组数据的获取、可视化浏览都十分方便。

作为一个数据库，其最最主要的功能就是提供 数据的下载 ，作为一个有原则的网站，phytozome要求你注册后才能下载它的数据，所以乖乖注册。

选择你需要的物种，以拟南芥为例，annotation 注释文件夹，assembly 组装文件夹。

不清楚这些文件是干啥的，请翻阅往期文章：

基因家族生信分析基础，基础到教你序列下载的那种基础！（一）

基因家族生信分析基础，基础到教你序列下载的那种基础！（二）

选择物种应该不用多说，比较方便的是 keywords 部分可以输入基因功能，家族名称，某个结构域等等都可以，然后GO。

主页Tools——Keywords search——选家族（可自行输入或点选下方树状图），输入关键词，GO。

于是我们先来看看基本信息，点G。

1.Functional Annotation：根据Pfam数据库呈现出蛋白结构域等部分。

2.Genomic：该基因在基因组上的位置，可视化一下外显子内含子啥的。

3.Sequences：这一部分我个人觉得挺有用，UTR等位置都标注的很清楚。

4.Protein Homologs：同源蛋白，显示该蛋白在其他物种里的一些同源蛋白及其基本信息等，起码和NCBI比起来，这个网站速度快很多哈。

5.Gene Ancestry：基因进化相关信息等。

6.Expression：可以查看该基因收录在不同文献中的表达情况（expression），还可以查看与该基因呈现共表达情况的相关基因（coexpression），correlation则表示共表达程度，非常好用。

至于点击B，就可以直接看到基因可视化信息，如下图，放大缩小啥的自己多点点就明白了。

在上一步的3.sequences中点开Genomic sequence，输入你需要的长度参数，可以直接获取上下游序列。

可参考文章：论引物特异性的重要性，顺便带你看懂花花绿绿的结果，方法大同小异，相信你能搞定。

最后，如果没看明白本教程还可以直奔网课：植物基因组数据库Phytozome，讲的非常详细，五块钱，两人一起好像一块钱，买它买它买它（无利益关系，单纯推荐哈