使用TBtools进行本地blast并根据blast结果提取相关序列 |
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TBtools 是一个集合了超多生信处理的小工具，非常方便，而且是无命令行的操作，入门门槛极低。开发者是华南农业大学陈程杰博士，TBtools文章地址：https://www.biorxiv.org/content/early/2018/03/27/289660 ，使用参考页面https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i 最近要使用本地blast来寻找组内基因组的相似序列，所以准备使用tbtools来试试。 1.blast使用 1.1 数据库构建参考网页https://zhuanlan.zhihu.com/p/418163788 首先打开软件界面，选择BLAST→BLAST GUI Wrapper→Blast Zone 会出现如下界面 image.png 然后在这个界面先构建一个本地的数据库，作为blast的数据库。 image.png 可以点击config按钮来设置数据库的存放位置。 image.png 点击图中的加号就可以添加本地的数据来构建数据库了。 image.png 点击确定之后一段时间完成数据库构建 image.png 如果要添加更多的数据库操作类似，删除数据库的话直接选中数据库然后选择 “－”就行了。 image.png image.png 1.2 使用序列进行BLAST直接将需要BLAST的序列粘贴到input文本框中，选择好输出文件的格式、文件名和位置点击start就可以开始了（超短序列需要选择short mode）。 image.png查看结果 image.png 结束之后，点击右下角的 Visulize 或TextView进行查看，Visulize有几种模式查看，点击之后在左上角出现图标选项，下拉选择之后再关掉就会出现显示的界面。 如选择Aligmemt Shorer会出现如下的结果 image.png选择Dot Plot会出现如下结果： 选择Pileup Graph会出现如下结果 而使用TextView则会显示文本信息如下： image.png (Frame = -1则表示是反向序列）这样就能看到BLAST所有结果的信息。 2. 根据Blast结果提取对应序列提取对应序列需要使用tbtools中的Fasta Extract功能。 image.png点击Sequence→Fasta tools→Fasta Extract (Recommended)进人Fasta Extract界面 image.png从界面上来看，分为 6 大块，其中绝大多数是可选项（即可以不做调整）。 Fasta 序列文件输入文本框，用户可以直接拖拽硬盘中的 Fasta 文件并放置到文本框中，路径会自动获取；也可以点击跟随文本框的摁钮“...”，在弹出文件选择框中选取对应文件即可 Initialize 摁钮，在设置 Fasta 序列文件后，可以看到 Start 摁钮仍然不可点击。需要用户点击 Initialize 摁钮，创建 Fasta 序列索引文件（如前期已有，则会软件会自动复用，节省计算时间） 输出文件设置文本框，用户同样可以拖拽放置文件或者文件夹，程序会自动获取输出文件夹，用户需要补全一个输出文件名；当然也可以直接点击跟随文本框的摁钮，在弹出的问价选择框中设置对应输出文件即可 待提取序列信息设置框，参考界面说明，接受三种类型的提取模式： ● 基于 ID 的完整序列记录提取，如输入 Unigene_1 ... 等完整序列 ID，每行一个，即可提取完整序列记录 ● 基于 序列坐标信息，进行序列区间截取，如提取染色体 Chr1 上第 10000 个碱基到 20000 个碱基的一段序列，那么输入如下。如果需要提取反向互补序列，使起始坐标大于终止坐标即可。# 注意，制表符[\t]分隔，而非空白[Space]分隔（试了下现在用空格好像也可以了） Chr1 10000 20000 # 提取反向互补序列，则翻转碱基坐标 Chr1 20000 10000 提取坐标信息的功能，重命名区间，如我们需要提取 Peak 或者 Promoter 序列信息，并指定输出时序列名字 peak_1 Chr1 10000 10200 promoter_ATG8 Chr2 20300 22300 |
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