利用VCF文件构建系统发育树 |
您所在的位置：网站首页 › 如何新建vcard文件 › 利用VCF文件构建系统发育树 |
利用VCF文件构建系统发育树
|
导读
本文将介绍三种使用VCF文件，构建系统发育树的方法，包括程序的安装，使用，已及系统发育树的可视化与美化。 1. VCF2DisVCF2Dis[1]是一种新的简单高效的软件，用于计算基于VCF格式的距离矩阵 1.1. 安装 # 下载wget -c https://github.com/hewm2008/VCF2Dis/archive/v1.47.tar.gz# 解压tar -zxvf v1.47.tar.gz# 进入程序目录cd VCF2Dis # 编译make ; make clean # 测试运行./bin/VCF2Dis 1.2. 距离矩阵 利用 VCF2Dis生成距离矩阵 VCF2Dis -i test.vcf -o test.mat 1.3. mat2nwk 文件转换
FastMe2.0
上传距离矩阵到在线网站, FastMe2.0[2]。上传以后，选择Data type为Distance matrix。 然后根据自己的需要进行配置，最后填入任务名称和Email来获取结果通知。 结果下载点击下载结果 
结果下载
结果文件是一个压缩文件，里面包含： 一个 .nwk文件用于进化树可视化
结果文件
stats.txt
记录了文件转换过程中，选择的参数 stdout.txt 转换过程中的日志文件，记录了程序的运行过程 1.4. iTOL美化十分推荐利用iTOL对进化树进行美化，该程序是网页版，配置简单，结果十分漂亮。 导入 iTOL [3]美化
iTOL
2. Phylip
PHYLIP[4]是用于推断系统发育的免费程序包。 2.1. 安装 源码编译安装 # 下载PHYLIP wget -c http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz# 解包tar zxf phylip-3.697.tar.gz # 进入程序文件夹cd phylip-3.695/src/# 复制文件cp Makefile.unx Makefile# 编译make install # 可能需要sudo 权限 conda安装 # 新建phylip环境，并安装phylipconda create -n phylip -c bioconda phylip -y 2.2. 格式转换 转换脚本下载 # 下载wget -c https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/refs/tags/v2.8.zip# 解压unzip v2.8.zip 转换为 PHYLIP matrix python vcf2phylip.py -i test.vcf# PHYLIP matrix是默认格式，不同输出格式，见下参数# -f FASTA matrix# -n NEXUS matrix# -b binary NEXUS matrix注意：test.vcf中的样本名一定要少于10个字符，否则会报错 2.3. 建树 构建配置文件 seqboot.par test.phy # 本程序的输入文件R # 选择bootstrap100 # 设置bootstrap的值，即重复的replicate的数目，通常使用1000或者100，注意此处设定好后，后续两步的M值也为1000或者100Y # yes确认以上设定的参数9 # 设定随机参数，输入奇数值。 dnadist.par seqboot.out # 本程序的输入文件T # 选择设定Transition/transversion的比值2.3628 # 比值大小M #修改M值D # 修改M值100 # 设定M值大小2 # 将软件运行情况显示出来Y # 确认以上设定的参数 neighbor.par dnadist.out # 本程序的输入文件M100 # 设定M值大小9 # 设定随机数，输入奇数值Y # 确认以上设定的参数 consense.par nei.tree #本程序的输入文件Y #确认以上设定的参数 phylip建树 # 在 phylip 文件夹下，依次运行下面的命令# seqboot./exe/seqboot |
【本文地址】
今日新闻 |
推荐新闻 |