单细胞去除聚类的离群点 |
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最近收到学员提问,关于单细胞转录组聚类分群后可视化发现有极个别细胞是离群点,如下,想去除掉这几个少数分子,其实我指点了应该是提取坐标即可,本质上仍然是对seurat包的熟练程度罢了。 跟我们前面回答的问题类似,不过那些问题是针对于monocle包,使用monocle做拟时序分析(单细胞谱系发育) 学员的问题是: 拟时序分析的热图提取基因问题 , 本质上,都对R包返回对象的了解程度罢了。 为了解释如何提取坐标,我需要使用大家都理解的数据集,然后创造出上面的聚类图。 代码语言:javascript复制rm(list=ls()) options(stringsAsFactors = F) library(scRNAseq) ## ----- Load Example Data ----- data(fluidigm) # Set assay to RSEM estimated counts assay(fluidigm) |
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