首先来了解一下什么是热图，印象中热图就长这个样子（图片来自好朋友的文章，问过，给我借用）。它可以表达什么信息呢？

       热图的用途一般有两个：以RNA-seq为例，热图可以（1）直观呈现多样本多个基因的全局表达量变化；（2）呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。第一个很容易理解，通过使用颜色（例如红绿的深浅）来展示多个样本多个基因的表达量高低，既直观又美观。第二个需要考虑：聚类的对象是什么，是否需要聚类。图外边那些细细的线条，就是聚类分析的树形图。这树形图就像咱毕业论文的目录，一级目录下有好几个二级目录，二级之下又有好几个三级目录，依次类推。当然是越靠下游的子目录中的个体关系越近，最先聚为一类，之后小类与小类又聚为一个大类。对多组值进行层级聚类，可以得到样本间聚类的远近关系。

       学习完热图的用法，这节主要讲如何通过GraphPad Prism画一个美丽的热图。首先需要新建一个柱状格式的图表，如下图所示。

        如需输入横排的名称信息，则双击蓝色圈的位置，勾选“显示横排标题”。

        然后就可以开始输入数据了，以上一节的数据为例，输完之后点击左侧Graphs栏里的“热图示例”，它会弹出一个框，让你选择想要的图类型，选“Grouped”中的“Heat map”，它会显示出四种不同类型。

       直接点“ok”的话，你得到的是一张不堪入目的热图，接下来就讲讲，如何把它变美。首先鼠标移动到格子区域，会变成黑色中间还带个“+”符号，此时双击鼠标左键，会出来图片格式的许多选项，首先这个colormap这里有5个，单色梯度、双色梯度、灰度、分类和彩虹模式，下面来逐个讲解一下。

       第一个是单色梯度模式，一般比较建议最小值用白色，最大值用你喜欢的，或者文章配套的颜色，赋值的话，那肯定就是数据里的最小值是“①”这里，最大值是“②”这里。

       第二个是双色梯度模式，它和第一个不一样的就是中间多了一个基准线，也就是多一种过渡颜色给你选择，而且！重点是！数值可调（“③”这里）！那你最小值是0，最大值是1，基准线非得是0.5吗~不一定吧，这里应该是可以根据实际情况有所调节的，（大力敲黑板！这一段是这一整节最有用的一段话）我觉得是根据您的数据，您觉得调成多少，热图好看，不过分，那就可以了，如果不想要双色模式，觉得太扎眼，可不可以把双色模式用成单色模式呢？当然可以呀！最小值调成白色，最大值比如调个（R:0,G:0,B:255）的亮眼蓝色，那你中间的基准线，你自己改其他蓝色啊（R:0,G:0,B:x），对吧，怎么好看怎么调，这肯定是在操作范围内的。好吧，这一段主要就是讲，如果有时候数据不齐，不好看，可以通过调基准线数值来控制热图的颜色变化，懂自懂，谢谢。

       第三个是灰度模式，这个就给你定好了，最大最小值，必须是黑色或白色，你可以反着选，这就，做起来可能有点像动漫色，我反正是不懂欣赏，有需要就用。

        第四个就厉害了，分类模式，直接整一个自定义，这个自由度可太高了，你想怎么设哪个区域的值是什么颜色就什么颜色，这个我没用过啊，也不太推荐大家用，我们应该暂时用不上。

       第五个彩虹模式，就是刚开始那种，它的意思是确定好最大和最小值颜色之后，中间的过渡做成彩色（如下右图所示），这谁受得了，怎么能不瘆得慌，谁爱用谁用，你开心就行。

       讲完Color mapping之后，再看看Graph Setting，其实没什么好讲的，工具介绍到位之后，审美都得靠自己，就简单提醒一下，根据需求看要不要加这个Cell borders，就是每个格子之间的间隙要不要加根线，还是直接粘在一起，我比较建议白色和灰色（其实就是浅色哈）的线，比黑色的线看起来舒服一些。关于其他的，怎么显示横纵标签啦，怎么调节标签角度啦，怎么调节标签位置啦，这个自己琢磨哈，不是很难。

       如何画一张美丽的热图，这一节到这里就讲完了，工具就不复杂，怎么画得好看，还得靠悟，和多练习哈！谢谢。

参考文献：Ni H, Chen Y, Xia W, Wang C, Hu C, Sun L, Tang W, Cui H, Shen T, Liu Y, Li J. SATB2 Defect Promotes Colitis and Colitis-associated Colorectal Cancer by Impairing Cl-/HCO3- Exchange and Homeostasis of Gut Microbiota. J Crohns Colitis. 2021 Dec 18;15(12):2088-2102. doi: 10.1093/ecco-jcc/jjab094. PMID: 34019628.