准死后，怜继承了光并与异生兽战斗，在与依组麦鲁最终战中因为负伤过重而昏迷，后被拉斐尔救回。同时路西法潜伏在石掘身上继续操控异生兽吸食恐惧，西条风继承了光变身胭脂粉形态进行战斗，后被路西法引入黑暗而变身成诺亚黑暗面扎基，并且暴走开始破坏。沟吕木从实验室苏醒后得知一切用自身意念化作为仅存的光变身光明梅菲斯特与扎基战斗试图挽救西条风，但是被扎基重创昏迷，与此同时路西法靠石掘发现了忘川，夺取了忘川中人类的恐惧记忆和所有异生兽因子，吸取了扎基能量，变成了完全体路西法。西条风掉入忘川中，被孤门所救，接着孤门和西条共同变成诺亚与路西法战斗，一开始不敌后生长出诺亚之翼觉醒，一举消灭路西法，并且发生了强烈的时空错乱导致莉子和姬矢准复活在现在的时空，接着诺亚脱离适能者离开了地球，异生兽全部消灭，来访者也离开了地球，大家过上了和平幸福的生活。

原案扎基是诺亚的黑暗面，并没有与诺亚战斗过，第一次出现即西条风的黑暗变身，实力在胭脂粉奈克瑟斯形态之上，与无翼诺亚实力相当。奈克瑟斯蓝色形态可以短暂进行抗衡。胭脂粉形态各项数值比蓝色形态略强一些，主要体现在战斗经验上。

诺亚之翼并不只是单纯的可以穿越时空，而是蕴含远古神秘力量，无穷无尽无懈可击的光之力。无翼诺亚与有翼诺亚完全不是一个档次。

来访者星球爆炸是因为诺亚追击路西法来到了来访者星球，由于之前两个宿敌决战消耗了太多能量因此双方都退化了，在来访者星球决斗时路西法为防止奈克瑟斯进化成诺亚引爆了星球，路西法并借此逃走到了地球潜藏，奈克瑟斯则由于巨大的爆炸而丧失实体退化成红色光球能量形态跟踪来到了地球沉睡。

黑暗扎基与无翼诺亚实力相当，属于一体两面，路西法也与无翼诺亚实力相当，一个恶魔一个是神，因此路西法与黑暗扎基实力相当。但是当路西法吸收了浮士德和梅菲斯特的力量后无翼诺亚不是他的对手。诺亚觉醒后有翼实力逆天登峰造极直接碾压强化后的路西法彻底将它消灭。扎基和诺亚并不是宿敌，诺亚和路西法才是，诺亚和路西法都可以进化，但是诺亚进化更快更强。

忘川就是人类和来访者共同建造的封存关于五年前奈克斯特事件人类恐惧记忆和收集异生兽因子的能量场所。来访者就是优身旁的那些水母状的发光体。

优和怜同是普罗米修斯之子，因此二人拥有一些特别的超能力。优的身体素质更完美所以出来担任TLT的高级指挥官，怜因为身体素质更差所以一直未被组织放出，是他自己逃出来的，为了寻找生命的意义而被光选中。

全人类都梦到了遗迹，只是绝大多数人都忘记了那些梦。诺亚在与最初的适能者真木舜一分离后，以光能量的形态栖居在地球上。为了应对异生兽的复活，寻求能继承自己光芒共同战斗的战士，便以梦的形式向全人类发出信息，那就是遗迹之梦。能对那个梦作出反应，获得踏入遗迹深处的能力的人就能成为适能者。只是，几乎所有的人都在踏入遗迹之前就折返，甚至连做过这个梦的事都遗忘了。作品中的五个适能者对遗迹之梦的觉醒方式是各不相同的。