做脑部磁共振的费用与所选择的磁共振扫描的不同序列有关，也与所选择的医院的地区所在以及医院的级别有关。一般在三甲级医院头部磁共振平扫的费用大约是468元，而头部磁共振动脉成像、静脉成像和弥散成像大概是624元，而头部磁共振的磁敏感成像、弥散张量成像以及磁共振波谱分析，大约是780-980元左右。

这些不同的成像所显示的病变以及目的是不相同的，比如头部磁共振平扫，主要是看脑梗死、脑肿瘤、脑炎以及颅脑的先天畸形等疾病。而头部磁共振的动脉成像主要是看动脉瘤、动脉狭窄、动静脉畸形等。同步磁共振的静脉成像主要是针对于脑内的静脉窦血栓或静脉窦的狭窄，而弥散成像常是用于诊断急性脑梗死。