Linux下conda安装及使用

2023-08-10 21:36| 来源: 网络整理| 查看: 265

参考的是：生信技能树conda管理生信软件一文就够略有改动，主要包括：下载，安装，镜像设置，小环境的创建，激活，退出，软件安装，升级等。

conda下载

直接在搜索引擎搜索 conda 清华，进入Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua…，找到“Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。”，点击下载页面，下载软件并安装。（miniconda是anaconda的轻量级替代，安装它就不用安装anaconda，miniconda的功能足够我们后续安装软件使用，不需要同时安装两个）,我安装的是miniconda。根据自己的Linux系统选择安装对应的版本

miniconda安装

安装最新版本的linux版示例：bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh,你可能会遇到下面的提示：

Please, press ENTER to continue >>> # 此处直接点击enter即可 =================================== Miniconda End User License Agreement =================================== ....... # 这里点击好几次空格键，直到出现下面行 Do you accept the license terms? [yes|no] [no] >>> # 这里输入yes，点击enter # 如果输入错误，比如输入yess，又删除不了，此时你应该按enter,重新输入yes即可 [/home/you/miniconda2] >>> # 遇到此处时，直接enter即可 # 这里的绝对路径是指miniconda2的安装路径 installation finished. Do you wish the installer to initialize Miniconda2 in your /home/you/.bashrc ? [yes|no] [no] >>> # 这里输入yes # 刚开始学的人最好输入yes，目的是让conda自动给你配置环境变量 # 输入yes的结果是：~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息 # less ~/.bashrc,多出来的配置信息第一行如下： # added by Miniconda2 4.5.12 installer ....... Thank you for installing Miniconda2! # 出现这个代表安装成功 # 执行下面语句 source ~/.bashrc # 执行后，本身就是没有任何提示 conda --help # 出现conda的帮助文档信息，即表明conda安装成功 # 这里很重要，不管安装什么软件，都要检测是否安装成功！ # 如下所示 usage: conda [-h] [-V] command ... conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages. Options: ...... # 继续调取conda子命令的帮助文档，如 conda create --help conda install --help miniconda配置镜像

因为conda安装软件类似R需要从就近的镜像里安装包一样，因此软件安装成功后，必须配置镜像；但是不同于R安装包，这里软件安装一次，只需要设置一次镜像，此后不需要再次设置！

当然，R语言也可以通过写配置文件，达到一次设置，永久使用镜像的目的。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes

将上述语句，一句一句运行在linux命令行上，即复制一句，按一下enter键，原则上没有任何提示即为设置成功；配置信息保存在 ~/.condarc 里，cat ~/.condarc即可查看！

创建小环境

安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；

怎么理解这句话呢？比如你在家里的储藏室放了A东西，但是你还可以再放进去一个柜子，柜子里还可以继续储藏东西，这个柜子就类似一个小储藏室，一个小环境，并且储藏室的环境包含了这个柜子的环境~

你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了，就好比柜子坏了，你可以扔了，但是如果你把自己账户环境折腾坏了，好比储藏室被你搞坏了，那恢复的代价就高了~~~

conda create -n rna # 创建一个小环境名为rna conda install python=2 # 安装python 2版本 # 以上两句话可以等同于一句命令：conda create -n rna python=2

查看小环境

conda info -e conda info --envs conda env list # 都是来查看已经存在小环境名的 # 运行后如下：rna即为刚刚建立成功的小环境名 $ conda info -e # conda environments: # base * /home/you/miniconda2 rna /home/you/miniconda2/envs/rna 进入小环境创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。 source activate rna：激活小环境名为rna的环境激活成功显示为：(rna) you 16:49:30 ~，用户名前多了(rna) 进入小环境

创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。

source activate rna：激活小环境名为rna的环境

激活成功显示为：(rna) you 16:49:30 ~，用户名前多了(rna)

查找软件

从conda网页内查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html

conda search PACKAGENAME：运行命令查找是否存在

推荐第一种；

安装软件

第一步：先从bioconda镜像查看软件名具体是什么？一个字母都不能错

第二步：conda install 软件名

第三步：成功调取软件帮助文档==确定安装成功

这里有点类似R包的安装，装后需要library()一下，才能确认安装成功

安装方法：conda install -y sra-tools trim-galore

参数解释：-y要不要均可，是问你同不同意安装，不要的时候，需要手动输入一个y，自己尝试后就理解了这句话含义；sra-tools trim-galore安装两款软件，默认安装最新版；注意 trim-galore 一个字都不能错，一个字都不能错，重要的事情说三遍！

指定软件安装版本

conda install numpy=1.11：即安装能模糊匹配到numpy版本为1.11

conda install numpy==1.11：即精确安装numpy为1.11的版本

Constraint type Specification Result Fuzzy numpy=1.11 1.11.0, 1.11.1, 1.11.2, 1.11.18 etc. Exact numpy==1.11 1.11.0 Greater than or equal to "numpy>=1.11" 1.11.0 or higher OR "numpy=1.11.1 1.11.3" 1.11.1, 1.11.3 AND "numpy>=1.8,

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