南宋学子宋慈，自小着迷于断案释疑，在睡梦中解开一个骷髅之迷，醒来豪言，此生必得成就刑狱伟业。翌日，京榜题名的宋慈与同科好友孟良臣相邀酒肆，举杯畅饮。席间，孟良臣告诉义兄他已请命受任梅城知县。宋慈深知梅城县地处边远，人事艰险，前任知县上任仅半年就不明不白地遇难身亡，宋慈对好友此去甚感忧虑。梅城县已故知县竹梅亭之女竹英姑怀疑父亲死的蹊跷，来到京城找到曾在衙门当过捕头并有着“捕头王”之称的远房兄长商议。

宋慈从父亲的遗容上发现父亲是死于中毒，就向老家院追问。老家院只得呈上宋父的遗书：原来，四十年刑狱从无错案的宋巩，却是因误断命案而服毒自杀以死谢罪的。父亲的遗书给儿子留下一道“终身不得涉足刑狱”的遗命。从小立志子承父业的宋慈从此心灰意冷，整日以酒浇愁。宋老推官的猝然作古，使英姑和捕头王到嘉州之行落了空，而梅城县却又传来新任知县孟良臣在赴任途中死于客栈起火的恶讯，捕头王和英姑以此力请宋慈赴梅城破案。

好友孟良臣的猝然遇难，使宋慈更加焦灼不安。在母亲的开导下，宋慈顿然领悟父亲临终遗书的良苦用心：老推官是以自己的过失和生命的代价，告诫儿子一个“人命大如天”的至理。解开了心头的郁结，宋慈毅然出征，带着捕头王和英姑，义无反顾地赶赴梅城。梅城县果然水深难测、暗含杀机。以杨主簿为首的一班县吏早有防备，以至使宋慈到梅城后每每遇壁，处境艰难。

英姑为缓解宋慈的烦乱心绪，端来脚水，为宋慈泡脚调理，宋慈心态放松，果然想起了父亲遗书中提到过的一着验法，遂往火烧现场验证孟良臣死因。用酽醋泼地，果然见卧尸之处，浮现出一大片血迹。正在宋慈验地之时，杨主簿率县吏们突然赶来。宋慈临危不乱，机智应变。在知州府，宋慈向卢知州道明了孟良臣死于谋杀的疑点，并问县衙是否有人出身忤作？卢知州告之杨主簿正是仵作出身。

负伤醒来的“六月红”终于道出真相，梅城县两任知县谋杀案昭然若揭，宋慈向岳父请命收网。大堂上，卢怀德在宋慈无以辩驳的案情推理之下，却狂笑宋慈找不到谋杀孟知县的证据。谁料宋慈却用惊世骇俗的检验之法，将孟良臣被谋杀后又遭焚尸灭迹的证据从卧尸的地面上验了出来。宋慈初次出山，就建下奇功，令朝野震动，被破格擢升大理寺正六品主事。

太平知县吴淼水仅三天就破得一桩凶杀命案，凶犯曹墨供认因垂涎玉娘美色意欲夺爱而杀了其夫王四，并交出了杀人时所穿的血衣一件。一年后，宋提刑前往太平县视察狱事的路上，将一伙盗贼拿了个人赃俱获，给了鼓吹自己治县有方的吴知县一个难堪。在视察牢狱时，一位给待决死囚儿子喂食的白发老母令宋慈心动。宋慈突然问何故杀人，曹墨脱口而呼没有杀人。

宋提刑正让捕头王半夜去请吴知县问案，吴知县正好跨了进来，并呈上了曹墨一案的所有案卷，还尤其郑重地向宋提刑展示了那件作为物证的血衣。不想宋提刑细察血衣之后却愤然击案。宋慈对捕头王和英姑说，除非在三天之内查出真凶，否则将无法改变经刑部审核的原判，可案发一年，时过境迁，查找真凶谈何容易。

正当宋慈找不到头绪之际，唐书吏却提供了一条线索：被害人王四之妻玉娘和凶手曹墨家过往甚密，且经唐书吏描绘的玉娘还是个淫荡之妇；宋慈又传王媒婆询问，而从王媒婆嘴里说出的玉娘，却又是一位恪守妇道的贤淑女子。同是一个玉娘，同是当初曹墨和玉娘在王婆瓜店的邂逅，从吴知县、唐书吏和王媒婆三人嘴里说出来却是截然不同，宋慈断定三人之中必定有人说谎。

宋慈和英姑跟踪着玉娘，果然见玉娘进了曹府。宋慈进了曹家，见正堂大门紧闭，英姑上前推开门，只见堂上摆着两口棺木，一口是母亲为即将受刑的儿子预备的，另一口是老母亲自己的，宋慈见状动容。玉娘终于对宋慈细说了前因：吴知县曾认定这是一桩奸夫淫女通奸杀人案，公堂之上，严刑逼供，是夜，又将曹墨和玉娘同囚一处，曹墨为保玉娘清白无罪，独自顶下罪名。

吴知县对宋慈要提审那帮与本案毫无瓜葛的盗贼甚为不解，而宋慈则微笑着说所谓病急乱投医，碰碰运气而已。当晚，盗贼们被提上大堂。宋慈机智提问，果然获得重大线索：被害人王四的一个银袋子成了其中一个小蝥贼屁股上的补丁。待再提审那小贼，却说银袋子是他在逛窑子时从一个叫王四的嫖客身上偷的，而王四当日已经遇害，不可能出现在窑子里。