跟着Nature microbiology学画图~堆积柱形图+箱线图以及组合图 |
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跟着Nature microbiology学画图~堆积柱形图+箱线图以及组合图
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今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish。期刊是 Nature microbiology  image.png 重复的图片是Figure1中的堆积柱形图和箱线图，然后将其组合  需要的工具及准备本次可视化基于windows 10系统。 数据存储和准备：Microsoft Excel，text数据可视化：R version 4.0.3 和 R Studio,用来要绘制、修饰和整合：堆积柱状图（Stacked Histogram ), 箱图（box plot），柱状图（bar chart），Venn图（Venn diagram），泡泡图（bubble plot)，曲线图（Line Graph） 安装请参考：https://www.jianshu.com/p/1a0f25086e8b两者下载地址分别是：R: https://www.r-project.org/R Studio: https://rstudio.com/products/rstudio/download/辅助工具Adobe Photoshop CS4: 做出来的图中的一些文字标记进行一定的修补等。数据准备与实现：堆积柱状图（Stacked Histogram )：数据准备：一般可视化最重要的一部分就是数据的准备，请看以下图，给出了对应的数据内容，以下简作说明：第一列：是分组，即共四个组。第二列：每个组里的不同物种。第三列：每个分组里的每个物种的相对丰度。这样分清层次后，我就自己生成了以下数据，并存为CSV格式。  需要的R 包即具体实现过程：install.packages('ggplot2') #安装ggplot画图包
library(ggplot2)#导入ggplot包
然后就是要读取数据了,为了方便初学者，我用file.choose跳出框来读取： df |
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