在废水处理工程中，制药废水含有大量的污染物，成分复杂，可生化性差，处理难度大。在处理流程中，会根据生产水质和水量确定适当的工艺。全面了解水质，可以最大限度降低废水处理过程中可能存在的问题。制药废水主要包括预处理、生化处理、沉淀消毒三个阶段。预处理阶段是基础，每种废水在这个阶段使用的工艺设备不同。方法不同，出水效果也会有极大的差距。为了防止二次污染现象，需要精确的监测，调节水质和水量以符合工艺的要求。千万不要急功近利，为了节约成本忽略了工程设备质量。

制药废水预处理阶段常用的工艺有混凝沉淀、气浮、铁碳微电解、芬顿等。当废水中的有机物含量高时，是无法直接进行氧化反应的。需要经过化学氧化，将大分子难降解的有机物转变为小分子物质。在氧化工艺中，微电解和铁碳-芬顿是必备的，不可或缺的。铁碳微电解是利用铁和碳在废水中形成原电池的原理，将废水有机物进行电解氧化的方法。电化学氧化对絮状物质具有富集作用。铁屑浸没在含有大量电解质的废水中，就会形成无数个微小的原电池。在铁屑中加入焦炭，铁屑和焦炭颗粒之间形成大的原电池，加快了电化学反应的进度。微电解反应的处理范围广，效果好，使用成本低。

芬顿氧化法是利用Fe2+和H2O2在废水中一起反应，生成具有非常高氧化性能的羟基离子。羟基离子和有机物发生反应，产生大量的小分子物质和Fe3+。Fe3+在废水中具有混凝沉淀的作用，可以添加适当的催化剂，增强废水的沉淀分离效果。氧化过程中，需要时间较长，使用的试剂量较多。如果添加试剂少了，就达不到预期的氧化效果。如果试剂量多了，很容易造成二次污染。同时，还要控制好反应条件比如温度、pH值、进水浓度等。为了增强反应的效率，大力降低成本，往往会和铁碳联合使用，以达到事半功倍的效果。在芬顿进行时，还可以通过其他物理的手法来增强处理效率，比如紫外线等。

经过预处理的出水会陆续进入重要的生化反应过程，经过对废水进行调节和水解酸化，首先进行的是厌氧反应。上流式厌氧反应器（UASB）的原理是通过向反应器内通入废水，在废水上升的过程中，通过载有大量高效微生物的活性污泥。在这个接触时期，厌氧微生物就和废水有机物之间进行代谢反应。在反应的过程中会生成大量的气体，主要成分是甲烷和二氧化碳。前一段时间产生的气泡，在废水中会携带活性污泥颗粒一起上升到反应器顶部。在反应器的顶部，当碰到了三相分离的挡板时，颗粒或脱离气泡而沉淀下来重新进行厌氧反应，或定期进行补充。气体会经过专门的管道进行收集，经过脱硫处理后可做成清洁能源。这种反应器应用广泛，可以单独使用，也能串联使用。

当出水水质达到预期需求时，接着进行好氧处理。好氧处理工艺无非是接触氧化、深井曝气池、SBR和MBR等，不要追求最新的设备，只要符合要求就是好。序批式间隙活性污泥法（SBR）是利用现在每天产水量不稳定、间隙排放的特点而采取的一种处理工艺。它集合里调节、反应、沉淀和排放功能为一体，按序批、间歇的程序进行。工艺方法简单，占地面积小，处理水质容易达到预期要求。活性污泥利用率高、除磷脱氮能力强，耐冲击负荷，处理效率可以大幅提升。