目前NGS法应用广泛，但使用NGS检测扩增时必须要考虑几个技术层面的问题，首先，检测结果精确度很大程度受制于样本的纯度和质量，因为在分析过程中良恶性细胞经常混合在一起。其次因为NGS以读取深度作为评估目的基因拷贝数的关键指标，若要兼具敏感度和特异性，则必须要同时满足深度和覆盖度的要求。最后，目前尚缺乏能证实FISH法和NGS法一致性的对比研究，NGS有时会出现难以解释的结果，因为FISH目前为止被认为是相对更可靠的技术。

3、其他检测方法：NGS也能检测血浆等含有循环DNA的样本，这和NGS检测肿瘤组织的原理类似。循环DNA的获取途径通常对身体具有更小的创伤，并有可能在一定程度上避免肿瘤细胞异质性对检测精确度带来的不利影响。然而血浆为样本检测对NGS检测平台的敏感度和分辨率具有更高的要求，对DNA的丰度也有一定要求，循环DNA检测导致假阴性的可能性较组织检测会更高。此外qRT-PCR也是一种检测MET扩增的方法，但是和FISH法和NGS方法相比PCR法优势不明显，此外PCR法用于界定MET扩增的阈值也没有明确的标准。

二、临床分子病理学特征

1、原发MET扩增：

在多种实体瘤中都发现有原发MET扩增，根据肿瘤基因组计划（TCGA）和cBioPortal数据库提供的数据，MET扩增比较典型的有非小细胞肺癌(NSCLC) ，检出率约＜1-5%；胃癌中约＜1-10%；大约2-4%的结肠癌（CRCs），13%左右的I型肾乳头状癌(PRCCs)和3%左右的II型肾乳头状癌也检出MET扩增，在食管癌和肝细胞癌中检出比例较低。在NSCLC中没有发现吸烟和MET扩增之间具有相关性。在许多恶性肿瘤中MET扩增意味着预后不良。研究发现NSCLC细胞MET扩增度越高，肿瘤的MET驱动依赖性越强。MET高度扩增 (MET /CEP7 ≥5，FISH法)的 NSCLC患者，很少合并其他致癌基因的驱动改变（比如EGFR突变或者ALK融合），而在MET低度扩增（MET / CEP7 ≥1.8 , ≤2.2，FISH法）和中度扩增 （MET / CEP7>2.2 ，2.2 ，