如何查找一个基因在不同组织的表达量 |
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在扩增cds的时候,扩增不来,经常要查这个基因是不是组织特异表达的,今天分享查找一个基因在不同组织表达模式的5种方法。 第一种,进入RiceGE http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE5 里面有一个gAltas tool,进入之后输入ID号,就可以查基因的在不同组织的表达情况了。 结果的图比较丑。 第二种,RAP-DB https://rapdb.dna.affrc.go.jp/viewer/gbrowse_details/irgsp1?name=Os11g0559200 点击转录本 这个图就比较靓了。 第三种,IC4R数据库 http://ic4r.org/genes/IC4R-OSJ11G300400 这个也是简洁明了 第四种,RiceXpro 数据库 这个数据比较详细,可能获得更细的组织表达模式 第五种,NCBI数据库 直接往下拉,有一个表达模块 写在后面 1,这些数据库出来的数据有的是有实验数据支持,有的就是海量转录组通过一种算法综合得出来。最后还是自己设计特异的定量去检测。, 2,我对会分析海量数据的人有种莫名的崇拜(自己缺什么就会崇拜什么),平时看到别人发表的数据总喜欢收藏在浏览器里。新冠阳的那一周还尝试自己学习R语言,呕,太枯燥了,再加上头晕,直接又放弃了。 |
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