如何查找一个基因在不同组织的表达量

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如何查找一个基因在不同组织的表达量

2023-03-17 12:16| 来源: 网络整理| 查看: 265

在扩增cds的时候,扩增不来,经常要查这个基因是不是组织特异表达的,今天分享查找一个基因在不同组织表达模式的5种方法。

第一种,进入RiceGE

http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE5

里面有一个gAltas tool,进入之后输入ID号,就可以查基因的在不同组织的表达情况了。

结果的图比较丑。

第二种,RAP-DB

https://rapdb.dna.affrc.go.jp/viewer/gbrowse_details/irgsp1?name=Os11g0559200

点击转录本

这个图就比较靓了。

第三种,IC4R数据库

http://ic4r.org/genes/IC4R-OSJ11G300400

这个也是简洁明了

第四种,RiceXpro 数据库

这个数据比较详细,可能获得更细的组织表达模式

第五种,NCBI数据库

直接往下拉,有一个表达模块

写在后面

1,这些数据库出来的数据有的是有实验数据支持,有的就是海量转录组通过一种算法综合得出来。最后还是自己设计特异的定量去检测。,

2,我对会分析海量数据的人有种莫名的崇拜(自己缺什么就会崇拜什么),平时看到别人发表的数据总喜欢收藏在浏览器里。新冠阳的那一周还尝试自己学习R语言,呕,太枯燥了,再加上头晕,直接又放弃了。



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