RNA

2024-07-12 08:50| 来源: 网络整理| 查看: 265

连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！

他前面的分享是：

Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化获取基因有效长度的N种方

下面是他对我们b站转录组视频课程的详细笔记

承接上节：RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查，以及 RNA-seq入门实战（五）：差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较

本节概览： 1.GSVA简单介绍 2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载 3.GSVA的运行 4.limma差异分析 5.GSVA结果可视化：热图、火山图、发散条形图/柱形偏差图

1. GSVA简单介绍

官方文档：GSVA: gene set variation analysis (bioconductor.org)不错的一篇文章：GSVA的使用 - raisok

定义基因集变异分析(GSVA)是一种特殊类型的基因集富集方法，通过对分析的功能单元进行概念上简单但功能强大的改变——从基因到基因集，从而实现对分子数据的路径中心分析。简单来说，就是将分析对象由基因换成了基因集，进行基因集（通路）级别的差异分析。原理和作用通过将基因在不同样品间的表达量矩阵转化成基因集在样品间的表达量矩阵，从而来评估不同的通路在不同样品间是否富集。其实就是研究这些感兴趣的基因集在不同样品间的差异，或者寻找比较重要的基因集，作为一种分析方法，主要是是为了从生物信息学的角度去解释导致表型差异的原因。

GSVA官方定义.png

分析前准备：

代码语言：javascript复制rm(list = ls()) options(stringsAsFactors = F) library(tidyverse) library(clusterProfiler) library(msigdbr) #install.packages("msigdbr") library(GSVA) library(GSEABase) library(pheatmap) library(limma) library(BiocParallel) setwd("C:/Users/Lenovo/Desktop/test") source('FUNCTIONS.R') load(file = '1.counts.Rdata') #包含 tpm counts group_list gl dir.create("6.GSVA"); setwd("6.GSVA")2.下载GSVA分析所需的基因集

GSVA分析常用MSigDB数据库中基因集，也可以自定义基因集进行分析。 MSigDB数据库目前有H和C1-C8九个定义的基因集，下面示范下载包含KEGG信息的C2与包含GO信息的C5基因集的两种方式——手动下载读取或msigdbr包下载提取。

2.1 手动下载读取

下载地址：Downloads (gsea-msigdb.org)进入gsea-msigdb官网后可能还需要登录邮箱，然后找到需要下载的基因集下载，下载后将gmt文件放入指定文件夹，将其路径读取进入R即可。不过需要注意的是这里的基因集默认都是人类的，如果是分析小鼠或其他物种最好采用MigDB包下载

代码语言：javascript复制#### 对 MigDB( Molecular Signatures Database)中的基因集做GSVA分析 #### ## 用手动下载基因集做GSVA分析 d

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