MGISEQ-2000通量灵活，每次运行支持1~2张载片同时上机，支持不同规格的载片（FCS小载片、FCL大载片）独立运行，支持多种测序读长，能够全面满足广泛的测序需求，是国内外测序实验室的首选机型之一。 

同时，MGISEQ-2000RS在其全能型桌面测序仪基础上，通过软件升级增加全新功能NEW——多重免疫荧光染拍，双模式并存，一机双用。不仅能满足基因组学研究，还可实现全流程自动化染拍，获取关键的空间蛋白组学信息（目前该新功能仅供研究使用）。