Conda安装与使用 |
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下载命令wget -c + 网址 -c 是断点续传(没有下载完会接着下载,不会重新下载)镜像网址下载加载为什么要添加频道 ·要收到对应的频道的信号才能看到该频道的节目 ·要配置好conda的频道才能用conda安装该频道的软件 (base) Mar402 09:44:46 ~ $ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/创建独立小环境· 不要往base环境里安装任何程序包,应该关在笼子里(小环境) ·不同软件的依赖会相互冲突 ·方便项目管理 (基因组、转录组..) 创建独立小环境的命令(pic1)pic1(base) Mar402 10:12:04 ~ $ conda create -n RNA #创建名为RNA的新环境 Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /trainee/Mar402/miniconda3/envs/RNA Proceed ([y]/n)? #是否把RNA这个环境放在envs/这个文件下 Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done # # To activate this environment, use # # $ conda activate RNA #激活RNA这个环境 # # To deactivate an active environment, use # # $ conda deactivate (base) Mar402 10:18:42 ~ $ conda activate RNA #激活RNA这个环境 (RNA) Mar402 10:19:35 ~ $ conda env list #列出env下有什么环境 方法一 # conda environments: # base /trainee/Mar402/miniconda3 RNA * /trainee/Mar402/miniconda3/envs/RNA #*在哪,说明当前你在哪个环境 (RNA) Mar402 10:19:59 ~ $ conda info --env #列出env下有什么环境 方法二 # conda environments: # base /trainee/Mar402/miniconda3 RNA * /trainee/Mar402/miniconda3/envs/RNA小环境的创、删、改 (pic2)pic2软件安装看安装哪些软件 pic3pic3安装了软件包掉用不了 pic4pic4查看已经安装的软件和删除软件 pic5pic5conda常用命令 pic6pic6安装软件的另一种方式:用yml文件安装·导出当前环境: ·conda env export envname > env.yml (可跨平台,不同系统) ·conda list --explicit > env.txt (仅限相同平台) ·导入环境: ·conda env create --name --file env.yml ·conda env create --name --file env.txt conda 常见问题以及解决方案看ppt环境变量 :用于储存有关shell会话和工作环境的系统变量 pic7pic7echo1打印字符串 2打印变量的值,变量调用要加 $ 修改命令配色 环境变量PATH pic8pic8新建PATH新建PATH一个命令能被执行的三个要素当我们输入一个命令,之所以能全局地调用,有三个条件要满足: 1.这个命令的本体文件真实存在在服务器里 2.这个命令的本体文件有可执行的权限 pic9,有x(当作命令)的才可以执行 3.这个命令能被系统查找到(命令所在的路径在$PATH里有记录) chmod +x tmp1 #给tmp1添加权限pic9生信软件安装-二进制【Binary】·下载 ·解压 ·添加到PATH 步骤 pic a,b pic apic b源代码【source code】安装·1.下载 ·2.解压 ·3.编译三部曲 ·configure:检查系统,构建makefile ·make:编译 ·make install: 安装 ·4.添加到PATH 源代码安装源代码安装java编译的软件java编译的软件安装java编译的软件ppt中有1000个常见的软件安装代码以及视频彩蛋 一个优雅地下载OA文献和附件的命令行工具----来自生信技能树---- |
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