吃了益生菌放屁特别臭，可能是生理性因素导致的，也可能是功能性消化不良病理性因素引起的，需要针对不同的病因进行相应的治疗，药物需要在医生指导下使用。

1、生理性因素：益生菌进入肠道后，不仅能与肠道黏膜紧密结合，形成一层保护膜，还能在肠道内分解成大量短链脂肪酸之类的酸性物质，刺激肠道蠕动加快，释放出大量带有臭味的气体，这些气体是之前因为功能性消化不良或便秘等原因滞留在肠道的内容物发酵而产生的。所以会出现吃完益生菌放屁臭的现象。这种情况通常不需要特殊处理，日常注意调整生活习惯即可。

2、功能性消化不良：如果患有功能性消化不良，由于消化系统功能减弱会出现紊乱现象，服用益生菌后胃部、肠道等消化道组织的分解吸收功能以及蠕动频率会增强，可以出现放屁的现象，且气味特别臭。这种情况可以使用多潘立酮、盐酸伊托必利等药物促进胃动力，使用多酶片、乳酶生片等药物促进消化，有助于缓解症状，必要时可以使用盐酸雷尼替丁、奥美拉唑抑制胃酸分泌。

3、幽门螺杆菌感染：幽门螺杆菌存在于消化道，食物大量囤积在胃部，出现发酵，因可产生大量气体并进入肠道，服用益生菌后可以促进肠道蠕动，出现放臭屁的情况。可以采用四联用药治疗，选择一种质子泵抑制剂、两种抗生素类的药物和一种铋剂，如奥美拉唑肠溶胶囊、阿莫西林胶囊、甲硝唑片、胶体果胶铋胶囊等。

此外，直肠黏膜神经纤维瘤也会导致吃了益生菌放屁的症状，患者应及时到医院就诊，完善相关检查，明确病因后进行针对性治疗，以免耽误病情。