RIdeogram:画染色体图 |
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由小丫画图开始并推动,产生了一个CRAN包——RIdeogram 今天已由CRAN审核通过,一行命令搞定安装: install.packages("RIdeogram")【需求描述】 我要画差异表达基因在染色体上的分布(RNA-seq) 开放染色质在染色体上的分布(DNase/ATAC-seq)CTCF在染色体上的结合位点(ChIP-seq)突变位点在染色体上的分布(WGS)DNA甲基化在染色体上的分布(WGBS)找工具来解决: perl工具circos circos的图最美,但,我要直的,不要弯的 http://circos.ca/ R包chromoMap chromoMap美,可惜只支持人这一个物种 其余的R包,都达不到我想要的美好的效果 R包IdeoViz https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/IdeoViz/inst/doc/Vignette.pdf R包karyploteR https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/vignettes/karyoploteR/inst/doc/karyoploteR.html R包ggbio http://www.tengfei.name/ggbio/ 找到一个在线画美的、直的、染色体的工具 在线工具Idiographica 出自Millerdelaney, S. F. C., Bryan, K., Das, S., Mckiernan, R. C., Bray, I. M., & Reynolds, J. P., et al. (2015). Differential dna methylation profiles of coding and non-coding genes define hippocampal sclerosis in human temporal lobe epilepsy. Brain, 138(Pt 3), 616-631.影响因子:10.292 http://rtools.cbrc.jp/idiographica/ 可惜只支持human, mouse, rat and fruit fly这5个物种 RIdeogram 的解决方案 有小伙伴跟小丫一样,有的对现有的R包画图效果不满意,有的不想花时间点鼠标调参数,还有位小伙伴是研究水稻的,急需不限物种的工具来画图。于是,去年6月,我们众筹了画这个图的代码。画图达人从头写代码,画出了下图: 经过Hao同学和同伴半年的努力,在Y叔的悉心指导下,RIdeogram包终于写成,今天被CRAN接收。 用法看链接里的使用手册: https://cran.r-project.org/web/packages/RIdeogram/vignettes/RIdeogram.html 功能更丰富: 据说有的小伙伴最喜欢这种萌萌水桶腰版 哥俩好版 我最喜欢这水果味儿的染色体 |
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