冈部陷入昏迷以来的11年里，“Amadeus红莉栖”一直在监控管理他的状况。就算穿越到过去，醒来的时候也会一直在他身边。有着可靠的伙伴们，带着他们的希望和愿望，冈部决定用时间跳跃回到25年前。

经过几次时间跳跃，冈部在一场战斗中醒来。那是2025年，恰好在他被“Stratfo”拘留之前。冈部推测，他是在最短距离的逃生路线上被敌人抓住的。这次他绕道而行，成功避免了“被敌人俘虏拷问”的结局。

最终，经过3000次时间跳跃，冈部终于来到了2011年7月7日的Lab。他放声大笑，宣布“凤凰院凶真”复活了。他不再放弃或妥协。为了将大家的意志化为力量，冈部恢复了被他封存起来的以前的自己。LabMem对“凶真”的回归感到高兴，而真帆初次看到凶真厨二病发作，整个人都不好了。来不及休息，冈部立刻开始为即将在广播馆发生的战斗做准备。

不久之后，在广播馆的屋顶上与雷斯金涅对峙的时刻到来了。雷斯金涅从篝那里了解了未来，并为这一刻制定了详细的计划，但全部被冈部先手破解，陷入了孤立无援的状态。冈部随后指示真由理“完成弧光作战（Operation Arclight），穿越到过去以打开通往命运石之门的大门”。悲剧似乎被避免了……然而，另一个国家的攻击直升机却比原计划更早地出现在那里，发射的导弹在屋顶上引起了巨大的爆炸。

无论时间跳跃重复多少次，时间机器都会被摧毁。到目前为止，时间机器已经被“Stratfo”的雷斯金涅、“DURPA（美国国防高级研究计划局）”的莱耶丝或参与时间机器竞争的俄罗斯情报机构摧毁。冈部的计划能够阻止雷斯金涅和莱耶丝的行动，但剩下的俄罗斯该怎么办？冈部只得求助桶子、真帆和Amadeus红莉栖的智慧。

根据从流亡中的中钵博士那里获知的信息，冈部推测俄罗斯已经追踪到牧濑红莉栖和Amadeus的存在。因此，冈部打算使用向过去发送邮件的“Dmail”的改进版“DRINE”来保护红莉栖的记忆数据，以防止时间机器技术传到俄罗斯。然而，要保护信息不被大国俄罗斯得到几乎是不可能的。因此，“Amadeus红莉栖”建议在保存红莉栖的记忆后立即访问并删除数据。然而，这意味着抹去“Amadeus红莉栖”的存在。

冈部为抹消一直以来支持自己的“Amadeus红莉栖”感到踌躇和烦闷。了解他的感受的“Amadeus红莉栖”要求他在半夜带她参观秋叶原的街道。他把只不过是一个程序而已的“Amadeus红莉栖”当成“一个人”来看待。“Amadeus红莉栖”虽然对他的好意感到高兴，但还是推了一把无法做出改变未来的决定的冈部。“如果我的存在是为了拯救原型的红莉栖，那将是非常合理和美好的。”冈部在她的催促下，下定了决心，而他又一次不得不与“红莉栖”告别。

决战的时刻终于到了。冈部前往广播馆，但被雷斯金涅发现并用枪指着。这时，萌郁出现救下了他。冈部匆匆赶到了真由理她们所在的屋顶。

与此同时，屋顶上，篝站在试图用时间机器回到过去的真由理和铃羽面前。如果过去被时间机器改变，她与真由理相遇的未来可能会消失。不管未来有多残酷，对篝来说，与真由理的相遇是唯一重要的未来。篝按照自己的意愿与铃羽展开激战，而不是按照雷斯金涅的指示。但为了阻止两人，真由理闯入了战斗。就算永远不能回来，也想回到过去，推冈部一把。篝被真由理强烈的愿望感动，决定为相信冈部的真由理送行。然后，雷斯金涅手下的特种部队冲了过来。正当篝和萌郁反击时，飞来的战斗直升机发射了一枚导弹。然而，就在导弹爆炸之前，冈部亲眼确认了载有真由理和铃羽的时间机器已经飞向过去，他确信作战已经成功。冈部扇动着自己的白大褂，骄傲地宣告胜利。

时光荏苒，转眼就到了2025年。冈部向2010年的自己发送了一封视频邮件，以传达最终任务“掌管未来的女神”作战（Operation Skuld）。如此一来，2010年的冈部将在未来收到真由理的责骂鼓励和自己的视频邮件，为“欺骗世界”而战，最终到达“命运石之门”。一切都准备完成后，冈部开始执行最后的任务牵牛星作战（Operation Altair），即寻找乘坐时间机器离开后失踪的真由理她们。不论需要几千年还是几万年，都一定要找到。带着这份决心，冈部乘坐时间机器踏上了漫长的旅程。

真帆准备返回美国。她看日历时，发现情人节就要到了。她回想起与红莉栖的点点滴滴……“Amadeus红莉栖”催促真帆，在离开日本之前，给冈部巧克力并传达自己的秘密感情，但真帆坚决地否认了这回事。听到她们对话的菲莉丝想到一个计划，咧嘴一笑。

与此同时，铃羽和篝从天王寺那里收到了她们的第一份兼职报酬，开始思考如何处理这笔钱。篝从琉华那里听说，情人节是一个通过向所爱的人赠送巧克力来表达感情的日子。而在2036年，情人节的习俗已经消失了。篝知道这样美好的习俗的存在后，眼睛闪闪发光。铃羽看到篝的样子，很惊讶篝会给人送巧克力，想知道对象是谁。

那之后，女孩们在菲莉丝的召唤下聚集在一起，举行了“第36届圆桌巧克力聚会”，大家一起制作手工巧克力。菲莉丝认为，如果在店里把她们做的巧克力分发出去，会是很好的宣传，女孩们开始制作巧克力。然而，真帆、枫和萌郁都不会厨艺，厨房很快就陷入了混乱。她们的救星琉华和由季姗姗来迟，在他们的指导下，逐渐步入正轨，巧克力虽然形状扭曲，但味道还不错。

绹的巧克力送给了父亲天王寺。吹雪和枫是好朋友，她们互相交换。萌郁送给了一直在照顾她的菲莉丝的管家黑木。由季把巧克力给了桶子。每个人都把巧克力送给了重要的人。篝不仅给冈部留下了巧克力，也给真由理、琉华、琉华的父亲、天王寺和其他所有遇见过的重要的人留下了巧克力，然后消失了。铃羽吃着篝为她制作的巧克力，回忆起篝的笑容。

在红莉栖遇难的地方，放置了一个装满真帆的手工巧克力的盒子，还有一张留言卡，上面写着“Dear my friend KURISU”。