新疆机场集团管辖乌鲁木齐地窝堡（pù）国际机场、喀什机场、吐鲁番交河机场、库尔勒梨城机场、和田昆冈机场、克拉玛依古海机场、阿克苏红旗坡机场、伊宁机场、库车龟兹机场、哈密伊州机场、阿勒泰雪都机场、塔城千泉机场、博乐阿拉山口机场、布尔津喀纳斯机场、新源那拉提机场、富蕴可可托海机场、且末玉都机场、莎车叶尔羌机场、若羌楼兰机场、图木舒克唐王城机场、于田万方机场、昭苏天马机场、阿拉尔塔里木机场、塔什库尔干红其拉甫机场共24个民用运输机场，其中飞行区等级4E级3个、4D级3个、4C级机场18个。新疆已经发展成为全国民用机场数量最多的省份。

2022年，全疆机场累计运营定期航线420条，其中国际客运航线4条，国内客运航线413条、货运航线3条，共有38家国内航空公司在新疆航空市场运营定期客运航班。

新疆机场集团不断完善“疆内成网、东西成扇”的航线网络布局，将乌鲁木齐国际机场打造成为面向中亚、西亚、欧洲，连接东南亚、东北亚的国家门户枢纽。现有南航股份新疆分公司、海航股份新疆分公司、天津航空、乌鲁木齐航空、山东航空、四川航空、国航新疆分公司7家航空公司先后在乌鲁木齐机场设立基地公司和运行基地。客运航线中，乌鲁木齐国际机场累计运营航线222条，74个疆外城市以及21个疆内城市与乌鲁木齐通航。2011年，新疆机场集团完成旅客吞吐量1422万人次，其中乌鲁木齐国际机场年旅客吞吐量首次突破1000万人次大关，成为全国第17个跨入“千万级”的大型机场。