数据库是商务印书馆数字出版的重要方向。目前，商务印书馆的数据库有三条产品线：工具书、学术著作和历史期刊。已完成的产品有：《商务馆精品工具书数据库》、《〈东方杂志〉全文检索数据库》，正在开发设计的数据库有《汉译世界学术名著数据库》、《商务精品工具书数据库•学生版》、《商务精品工具书数据库•编辑版》《商务精品工具书数据库•公务员版》。这些数据均以商务印书馆出版的工具书、学术著作、历史期刊为基础，经过深度加工和标引后动态重组，功能设计完善，增值服务功能多，用户体验良好。数据库的经营模式目前为B2B模式。