海南港航国际港务有限公司、海口港集装箱码头有限公司同是海南港航控股有限公司下属子公司。2020年，海南港航对集装箱板块进行优势资源整合，将海南港航国际港务有限公司和海口港集装箱码头有限公司两家公司统一管理，两个公司“两块牌子、一套人马”，同时运营洋浦国际集装箱码头和海口港集装箱码头，是海南省最大的从事国际和国内集装箱装卸、陆路运输等业务的国有安全标准化（危货类）一级达标企业，兼营岛内驳船航线运营、冷藏保鲜集装箱运输和储存保管等业务，集装箱航线网络覆盖完备。2023年5月，所经营的洋浦国际集装箱码头被评为四星级中国绿色港口，成为海南首个四星级绿色港口。公司采用专业的集装箱信息系统进行管理，在集装箱装卸、运输、仓储管理以及大型机械管理等方面具有丰富的经验。公司设有10个职能部门，现有员工323人，专业技术人员103人。

截至目前，海南港航所属集装箱码头共开通航线58条，其中：洋浦国际集装箱码头40条，较2018年增加36条，特别在2020-2023年期间，先后开通大洋洲、西非、南美东、印尼等航线，实现了远洋洲际干线新突破。以洋浦作为中转枢纽，外贸航线网络覆盖18个国家及地区，基本实现对东南亚、南亚国家或地区全覆盖，内贸航线网络已基本覆盖国内沿海各大区域主基本港。海南港航集装箱吞吐量占海南省份额达到约93%。

目前两港区拥有万吨级泊位7个，码头岸线总长2144m，港区总面积132万㎡，堆场面积79万㎡。大力推进港口能力提升，支持海南加快构建新发展格局。一是加快提升洋浦港和秀英港的集装箱通过能力。目前两港整体能力已从255万标箱提升至440万标箱。二是积极推进洋浦区域国际集装箱枢纽港扩建工程项目落地。项目总投资约103亿元，预计2025年建成投产后实际吞吐能力达到500万标准箱，助力海南更好地服务和融入新发展格局，增强港口与海南自由贸易港、西部陆海新通道建设及区域内相关产业发展的适配性。