R语言绘图

2024-07-12 06:56| 来源: 网络整理| 查看: 265

在火山图中，我们有时候会想要标注出自己感兴趣的基因，这个时候该怎么嘞！

还有还有，在添加标签时，可能会遇到元素过多或位置密集导致标签显示不全，或者虽然显示全了但显得密集杂乱，不易阅读的情况。这可咋整捏！

话不多说，直接开干！

（本节内容同时适用于其他散点型图表）

数据处理

今日份绘图所用到的数据是之前的看完还不会来揍/找我 | 差异分析三巨头 —— DESeq2、edgeR 和 limma 包 | 附完整代码 + 注释的结果，有兴趣的小伙伴可以去瞅瞅哟！如果不想再折腾，也是完全OK的！我已经把数据上传到了GitHub，大家可以在公众号后台回复火山图，即可获得存放数据的链接。不过我在分享过程中也会把每一步的输入数据和输出结果进行展示，大家可以作为参考并调整自己的数据格式，然后直接用自己的数据跑，也是没有任何问题的！

# 带标签的火山图 | 标记感兴趣基因 # 加载包，没安装的记得安装一下哟！ library(tidyverse) library(ggplot2) library(ggrepel) # 加载差异分析结果 load("./DEG_limma_voom.Rdata") head(DEG_limma_voom) # logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B # FIGF -5.984847 -0.7193930 -51.67041 1.843289e-309 4.938355e-305 698.5939 # CA4 -6.844833 -2.5701167 -44.96985 3.340380e-261 4.474605e-257 587.5876 # PAMR1 -3.989305 2.3605059 -44.85958 2.161519e-260 1.665003e-256 585.9261 # LYVE1 -4.786578 1.3531474 -44.85132 2.485914e-260 1.665003e-256 585.7724 # CD300LG -6.537456 -0.0898487 -43.57667 6.384798e-251 3.421102e-247 564.1320 # SDPR -4.600471 2.7186631 -43.38389 1.712581e-249 7.646961e-246 560.8745 # 加change列，标记上下调基因，可根据需求设定阈值 logFC = 2.5 P.Value = 0.01 k1

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