一般该病潜伏时间为平均 7～10 天。百日咳起病不容易发现，进展比较慢，会持续恶化，就像下长坡一样，慢却持久，病程常持续 2～3 个月，故称为「百日咳」。临床过程分三期：

(一)卡他期 从起病至阵发性痉挛的出现，约 7～14 天。开始类似于感冒一样的症状，患者会感到发热、咳嗽、喷嚏、流泪等不适。2～3 天后发热好转，而咳嗽较前加重，尤以夜间更明显，由疾病开始的单声干咳渐变成后续的痉挛性咳嗽。

（二）痉咳期 该段病期一般为 2～4 周或更长，此时基本已无发热，患者会出现阵发性痉挛性咳嗽，发作时连续十余声至数十声短促的咳嗽，随后出现深长的吸气。紧接着一连串咳嗽如此反复，直至排出大量黏稠痰液或吐出胃内食物为止，这些不适一般以夜间较为常见。

当患者跑步、进食、受凉、情绪变化等均可诱发痉挛性咳嗽。咳嗽发作时患者表情痛苦，脸面潮红；因反复咳嗽可出现颈部静脉怒张，甚至大小便失禁。

痉挛性咳嗽频繁的患者可出现脸面浮肿，甚至会出现眼结膜下出血或鼻出血，或者颅内出血。新生儿和婴幼儿常无典型的痉挛性咳嗽，患儿可表现为阵发性屏气和颜面发紫，易窒息、抽搐。

可因脑部缺氧而发生抽搐，称窒息性发作。此发作常在夜晚发生，若抢救不及时，常因窒息缺氧而死亡。

（三）恢复期 此期为2～3周。患者在该阶段可表现为阵发性咳嗽减轻、好转，患者精神食欲恢复正常。若有并发症，病程相应可能会延长。

(四)并发症 1.支气管肺炎是常见的并发症，为继发感染所致。患者可出现高热，呼吸浅而快，阵发性痉咳常可停止。在病情较重的患儿还可有肺气肿及皮下气肿。 2.百日咳脑病是最严重的并发症，该症状的出现是由于脑组织缺氧、颅内出血所引起常有意识障碍、抽搐、高热等，可能危及生命。恢复后可留有一侧肢体活动不佳等神经系统症状。 3.其他如眼结膜出血、腹股沟疝和脱肛等。